W relacji z pobytu w Rzeczypospolitej nadworny medyk Jana III Sobieskiego Bernard O’Connor szczegółowo opisał dyskusję na dworze królewskim, w której wziął udział. Rozpoczął ją sam monarcha, pytając O’Connora o to, w jakiej części ciała znajduje się dusza. Ten próbował uchylić się od rozmowy, stwierdzając, że jako lekarz zajmuje się ciałem ludzkim z punktu widzenia medycyny, a odpowiedzi powinni dostarczyć obecni duchowni, wśród których znajdowali się biskupi poznański, płocki i wileński. Jednak król nalegał, stwierdzając, że ze względu na wpływ, jaki dusza wywiera na ciało, lekarze powinni zajmować się także nią. Po takiej zachęcie O’Connor przedstawił pogląd, który wywołał spory między nim a niektórymi duchownymi. Zgodził się z królem, że dusza ma wpływ na ciało, ale zauważył również, że zależność działa w drugą stronę, a ponieważ dusza jest obiektem niematerialnym, to w przeciwieństwie do ciała, które można zbadać pod względem budowy anatomicznej i składu chemicznego, lekarze nie mogą wydać o niej sądu. Jak na standardy epoki była to bardzo racjonalna odpowiedź. O’Connor posunął się jeszcze dalej, mówiąc, że „dusza może znajdować się tylko tam, gdzie jest ośrodek myśli”, czyli w mózgu.
Czujnością wykazał się pochodzący z Piemontu jezuita Maurycy Karol Vota, odpowiadając, że gdyby dusza znajdowała się wyłącznie w mózgu, oznaczałoby to, że pozostałe części ciała są martwe, ponieważ to dusza daje życie ciału. O’Connor odparł, że funkcjonowanie organizmu nie ma żadnego związku z duszą, ale zależy od mechanicznych praw, takich jak krążenie krwi czy oddychanie. Zgodzili się z nim biskupi, co tylko rozzłościło jezuitów, którzy stwierdzili, że dyskusja stoi w sprzeczności z poglądami Kościoła, widocznie biskupi nie byli jego częścią, a poza tym gdyby dusza nie ożywiała ciała, to byłaby bezużyteczna i ludzie nie różniliby się od zwierząt. Ku ich zgorszeniu O’Connor odparł, że ciałem człowieka i zwierząt rządzą te same zasady, a to, co nas od nich odróżnia, to właśnie dusza, która „jest jak pilot, i choć nie porusza naszego ciała tak jak wiatr statku, to pozwala na sterowanie nim w zgodnym z naszą wolą kierunku”. Była to piękna uwaga, która skłoniła króla do postawienia pytania o naturę śmierci. I tym razem O’Connor wyraził pogląd sprzeczny z opinią jezuitów utrzymujących, że śmierć to odłączenie duszy od ciała. O’Connor odparł, że śmierć rzeczywiście prowadzi do odłączenia duszy od ciała, ale nie jest spowodowana odłączeniem, lecz zaprzestaniem funkcjonowania organizmu człowieka działającego przecież niezależnie od duszy. Innymi słowy, śmierć nie jest następstwem oddzielenia duszy od ciała, oddzielenie to jest jej następstwem. Na tym skończył udział w dyskusji, która trwała od godziny trzeciej do siódmej.
Dla króla, mimo śmiertelnie poważnej tematyki, rozmowa była prawdopodobnie niczym więcej jak okazją do zabawy. Jak zauważył sekretarz ambasady francuskiej: „Skłócanie ojca Voty... z ambasadorem [francuskim – był nim wówczas Melchior de Polignac] należało do jego [króla] przyjemności... Doprowadzało to do scen bardzo zabawnych”. Można sądzić, że król bawił się równie dobrze, skłóciwszy jezuitę z nadwornym medykiem. Dla O’Connora cała dysputa była jeszcze jednym, smutnym dowodem na zły stan nauki w Polsce. Spory o to, gdzie znajduje się dusza, ciągnęły się od starożytności, a jezuici posługiwali się argumentacją przedstawioną jeszcze przez Arystotelesa. Lecz, jak zauważył O’Connor, stała ona w całkowitej sprzeczności z doświadczeniem i rozumem, którymi tak dobrze się posłużył. Ale, jak się wkrótce okazało, podobne problemy pojawiały się nie tylko w Rzeczypospolitej. W 1697 r. O’Connor wydał w Anglii dzieło Evangelium medici, seu, Medicina mystica: de suspensis naturae legibus, sive, De miraculis, w którym próbował wyjaśnić cuda w oparciu o wiedzę medyczną. The Royal Society, którego był członkiem, odmówiło zgody na wydanie książki, a zarzuty o herezję to najmniej, co usłyszał.
