Stanisław Żółkiewski od początku swojej politycznej i wojskowej kariery, odkąd terminował u jego boku mając lat dziewiętnaście, związał swój los z krewnym – kanclerzem oraz hetmanem koronnym Janem Zamoyskim. Pod rozkazami Zamoyskiego walczył w czasie wojen batoriańskich z poddanymi Iwana IV Groźnego, wspierał go także w czasie zmagań z rodziną Zborowskich. Miał swój niemały udział w zapewnieniu tronu Rzeczypospolitej dla Zygmunta III Wazy, co przypłacił ciężką raną odniesioną w starciu z wojskiem arcyksięcia Maksymiliana Habsburga pod Byczyną 24 stycznia 1588 roku. Za sprawą Zamoyskiego nowy król docenił te wysiłki, nadając w tym samym roku Żółkiewskiemu kasztelanię lwowską oraz buławę polną koronną.
Kiedy stosunki króla z kanclerzem poczęły się psuć, Zamoyski nadal mógł liczyć na hetmana polnego. Jesienią 1590 roku Żółkiewski stanął na czele konfederacji wojska koronnego, której członkowie postulaty o charakterze materialnym – głównie zapłaty zaległego żołdu – łączyli z na wskroś politycznym żądaniem przywrócenia hetmanowi wielkiemu całej należnej mu władzy. Przez następne 15 lat Żółkiewski wiernie trwał u boku patrona, choć wiele wskazuje na to, że Zamoyski nie oczekiwał odeń wsparcia o charakterze politycznym, cedując nań za to szereg obowiązków związanych z dowodzeniem wojskiem kwarcianym. Hetman polny walczył zatem z Tatarami, tłumił na rozkaz kanclerza kozackie powstanie Łobody i Nalewajki, wziął udział w wyprawie przeciwko Michałowi Walecznemu do Multan w 1600 roku, walczył ze Szwedami w Inflantach, wreszcie brał udział w kilku komisjach powołanych do zapłaty wojsku należnego żołdu.
Począwszy od 1603 roku skomplikowane relacje Zygmunta III z Zamoyskim po raz kolejny weszły w fazę konfliktu. Wydaje się, że słynący z cierpliwości monarcha uznał, że zbudował wreszcie stronnictwo, na czele którego zdoła pokonać lub przynajmniej znacząco ograniczyć wpływy hetmana wielkiego, podczas gdy kanclerz żywił urazę z powodu dalece niewystarczającego wsparcia dla wojsk koronnych w czasie wyprawy inflanckiej oraz pomijania protegowanych przezeń osób przy nadawaniu urzędów, zwłaszcza urzędu marszałka koronnego. Choć kanclerz popierał do tej godności wojewodę lubelskiego Marka Sobieskiego – dziadka Jana III – władca powierzył ten urząd margrabiemu Zygmuntowi Gonzadze Myszkowskiemu, od lat wspierającemu króla w polityce wewnętrznej. Zamoyski przystąpił do mobilizowania opinii publicznej przeciwko królowi, wykorzystując w tym celu sejmik przedsejmowy w Bełzie, na którym wygłosił antykrólewskie wotum i doprowadził do uchwalenia artykułów godzących w wewnętrzną oraz zagraniczną politykę Zygmunta III, które następnie kolportowano na terenie innych ziem oraz województw. Nie bardzo wiadomo, jaki cel przyświecał Zamoyskiemu – niektórzy historycy skłonni są nawet posądzać go o chęć wywołania rokoszu i detronizacji monarchy – ale rozpoczynający się 20 stycznia 1605 roku sejm miał się stać areną starcia pomiędzy królem i hetmanem wielkim.
Żółkiewski raz jeszcze stanął u boku Zamoyskiego, 29 stycznia wygłaszając antykrólewskie przemówienie w ramach wotów senatorskich. Przeciwstawił się planom wsparcia dla Dymitra Samozwańca, który podawał się za najmłodszego – cudownie ocalałego – syna Iwana IV Groźnego i walczył przy pomocy Kozaków zaporoskich oraz polskich najemników z Borysem Godunowem, oraz narzekał na brak wystarczającego wsparcia dla wojsk walczących w Inflantach. Hetman polny odrzucił także domniemany plan elekcji dziesięcioletniego królewicza Władysława Zygmunta na tron polski za życia Zygmunta III oraz projekt małżeństwa króla z siostrą poprzedniej małżonki, Anny Habsburżanki, Konstancją, dodając do tego wszystkiego wezwanie, aby król szanował szlacheckie prawa i przywileje, cierpliwie znosząc słuszną krytykę ze strony senatorów. Wotum Żółkiewskiego współbrzmiało z nieco późniejszym, bardzo krytycznym wobec króla wystąpieniem Zamoyskiego, było też jednym z najostrzejszych przemówień wygłoszonych przez senatorów.
Sejm nie przyniósł ani uspokojenia nastrojów, ani zwycięstwa żadnej ze stron. Nie wiadomo, jakim torem potoczyłyby się sprawy, gdyby nie niespodziewana śmierć Zamoyskiego 3 czerwca 1605 roku w Zamościu. Opozycja straciła przywódcę, którego silna osobowość oraz olbrzymie doświadczenie i zdolności utrzymywały jedność w jej szeregach, a zarazem polityka umiejącego dokonać racjonalnej oceny rzeczywistości oraz zawierać – w razie potrzeby – konieczne kompromisy, a także kierować szlachtą. Wojewoda krakowski Mikołaj Zebrzydowski, który usiłował sięgnąć po schedę po kanclerzu i hetmanie, pozbawiony był większej części tych zdolności, co odegrało w wydarzeniach dwóch następnych lat wielką rolę.
Hetman polny nie zdradzał tymczasem większych ambicji politycznych. Można przypuszczać, że jesienią 1605 roku częściej widać go było w wojsku niż w wielkiej polityce. W styczniu 1606 roku odniósł bodaj największe w swej karierze zwycięstwo nad Tatarami nad Udyczem. Z powodu zagrożenia tatarskiego opuścił sejm, który rozpoczął się 7 marca 1606 roku, ograniczając się do przesłania na ręce sejmujących listu dotyczącego głównie spraw związanych z obroną granic i planowaną wyprawą przeciwko Tatarom, których najazdy stanowiły śmiertelne zagrożenie dla Rusi Czerwonej, Podola, Ukrainy oraz Wołynia. Konflikt króla z opozycją stawał się coraz ostrzejszy, a sejm zakończył się 18 kwietnia w atmosferze skandalu, gdyż w ostatniej chwili wskutek sprzeciwu biskupów nie doszło do uchwalenia przygotowanych wcześniej przepisów chroniących innowierców, które dotyczyły egzekwowania prawa do wolności religijnej. Równocześnie z obradami sejmu, w dniach 9–22 kwietnia w Stężycy doszło do pierwszego zjazdu opozycji z Mikołajem Zebrzydowskim na czele. Wojewoda krakowski, który nie był w stanie pokazać dowodów na łamanie prawa przez Zygmunta III, niezbyt dobrze radził sobie z uczestnikami zjazdu, ale niespodziewanie w sukurs przyszedł mu monarcha. Król nie był skłonny do poważniejszych ustępstw względem opozycji, przebieg obrad sejmu wyraźnie to podkreślił, co skłoniło wielu przedstawicieli szlachty do wysłuchania wezwania Zebrzydowskiego oraz udziału w kolejnym zjeździe, tym razem zwołanym na 5 czerwca do Lublina.
Żółkiewski znalazł się na rozdrożu. Z jednej strony w szeregach opozycji znajdowało się sporo bliskich mu osób na czele z Zebrzydowskim, z którym hetman polny był spowinowacony oraz przez wiele lat współpracował pod okiem Zamoyskiego. Część postulatów opozycji była mu bliska – opowiadał się za nimi jeszcze rok wcześniej. Z drugiej strony można przypuszczać, że Żółkiewski nie był szczególnie wielkim admiratorem talentu politycznego wojewody, w którego otoczeniu kręcili się ludzie pokroju znanego warchoła Stanisława „Diabła” Stadnickiego czy zawodowego opozycjonisty jeszcze z czasów Batorego – Prokopa Pękosławskiego. Co więcej, obawiał się, iż konflikt polityczny doprowadzi do osłabienia państwa, z czego skorzystać mogą zachłanni sąsiedzi, szczególnie Turcy i Tatarzy. Nie można również wykluczyć, że hetman krytycznie oceniał program radykalnej szlacheckiej opozycji, który godził nie tylko w autorytet monarszy, kluczowy dla utrzymania jedności państwowej, ale także w interesy grupy, do której Żółkiewski podówczas należał, czyli „nowej magnaterii” budującej właśnie za sprawą króla czy Zamoyskiego podwaliny swego majątku oraz politycznej pozycji. Ślady tego rozdarcia znaleźć można w spisanym 12 stycznia 1606 roku testamencie Żółkiewskiego, który wśród opiekunów jedynego syna, Jana, umieścił Zebrzydowskiego, po czym napomniał syna, aby nie tylko nie występował przeciwko monarsze, ale stawał w jego obronie.
Po zakończeniu sejmu Zygmunt III wezwał Żółkiewskiego do Warszawy. W obliczu narastającego konfliktu król starał się rozbić dawne stronnictwo kancelarian, stąd nominacja na biskupstwo krakowskie dla jednego z wiernych współpracowników Zamoyskiego – Piotra Tylickiego. Nie wiadomo, jak przebiegała rozmowa króla z hetmanem, ani jakich argumentów użył monarcha, ale wiadomo, że po jej zakończeniu Żółkiewski zobowiązał się do użycia swego autorytetu w celu powstrzymania opozycji od gwałtowniejszych działań antykrólewskich. W razie niepowodzenia tych wysiłków Żółkiewski obiecał, że stanie wraz z wojskiem przy królu. Możliwe, że padła wówczas oferta jurgieltu, który miał być wypłacany z dochodów płynących do skarbu z młynów gdańskich, choć nie wydaje się, aby kwestie materialne odegrały decydującą rolę w podjęciu przez hetmana decyzji o wsparciu króla.
Hetman polny, wierny swemu przyrzeczeniu, przybył na zjazd do Lublina w asyście 100 husarzy oraz takiej samej liczby kozaków. Poczty innych uczestników zjazdu były większe – pod Lublinem zebrało się ponoć nawet kilkanaście tysięcy szlachty. Hetman nie zabawił długo w szeregach opozycji – wyjechał 10 czerwca, pięć dni przed końcem zjazdu, motywując tę decyzję koniecznością obrony granic przed Tatarami. Rokoszanie obiecywali mu wynagrodzenie szkód, które poniósł w służbie ojczyzny, prosząc w zamian o pozostanie wraz z wojskiem na pograniczu. Tymczasem uczestnicy lubelskiego spotkania zdecydowali się zwołać kolejny zjazd na 6 sierpnia pod Sandomierzem. Ryzyko zbrojnego starcia króla i opozycji stawało się coraz większe, a wraz z nim rosło znaczenie wojska kwarcianego.
Jan Wimmer, wybitny znawca dziejów armii koronnej siedemnastego stulecia, wskazywał na powiększenie wojska kwarcianego pomiędzy 17 sierpnia 1605 a 17 lutego 1606 roku do 1600 stawek żołdu. Hetman przyjął wówczas do służby trzy nowe chorągwie husarskie oraz przekształcił chorągiew kozacką Stanisława Golskiego w husarską, co w sumie dało 900 koni, 300 kozaków oraz po 200 piechurów w Lubowli oraz Kamieńcu. W kolejnych miesiącach 1606 roku rosła liczba jazdy: w lipcu zaciągnięto sześć nowych chorągwi husarskich (w sumie było ich już 15) oraz dziewięć kozackich (w sumie 12), co dało odpowiednio 1476 koni husarii oraz 1200 koni kozaków. W październiku na służbie królewskiej znalazły się jeszcze dwie nowe chorągwie husarskie, co podniosło liczebność tej jazdy do 1740 koni. Dobrze wyszkolone oraz doświadczone wojsko przedstawiało dla króla olbrzymią wartość. Należy jednak przypomnieć, że monarcha starał się kontrolować poczynania hetmana i jego żołnierzy za pośrednictwem filarów stronnictwa regalistycznego – braci Potockich: starosty kamienieckiego Jana, Jakuba, Andrzeja oraz Stefana, którzy prowadzili w sumie cztery chorągwie husarskie rozbudowane w obliczu rokoszu.
Tymczasem Żółkiewski działał dwutorowo. Z jednej strony skutecznie mobilizował szlachtę ruską do udzielenia wsparcia królowi, z drugiej strony w lipcu wprowadził kwarcianych w głąb kraju na pomoc monarsze. W sierpniu oraz we wrześniu 1606 roku pod Wiślicą stacjonowało 1250 husarii oraz 1100 kozaków stanowiących trzon liczących ponoć 11 tysięcy żołnierzy wojsk królewskich. Na Podolu zostało nieco ponad 200 husarii, 100 kozaków oraz 500 wybrańców. Dla pewności wojsko otrzymało zaległy żołd oraz obietnice wysokich nagród w przyszłości. Przymknięto także oko na liczne nadużycia i rozboje, których ofiarą padła ludność cywilna. Nic zatem dziwnego, że kiedy rozpoczęty 10 sierpnia zjazd rokoszowy zwrócił się do hetmana i jego podkomendnych z prośbą, aby zechcieli wrócić na południe, w obu przypadkach spotkała się ona z odmową. Hetman polny obecność wojska tłumaczył koniecznością obrony władzy monarszej, czego wymaga dobro Rzeczypospolitej, żołnierze zaś wskazywali na to, że w obozie rokoszan znajdują się cudzoziemcy – węgierscy sabaci. Można przypuszczać, że przywódcy rokoszu spodziewali się nie tyle czynnego wsparcia ze strony hetmana, co zachowania przezeń neutralności w rozpoczynającym się konflikcie. Rozczarowanie zaowocowało falą ostrych ataków skierowanych przeciwko Żółkiewskiemu, któremu zarzucano zdradę oraz przekupność, przywołując sprawę jurgieltu z dochodów z ceł gdańskich jako główny motyw przystąpienia hetmana do stronnictwa królewskiego. Nie wiadomo, jak Żółkiewski reagował na te zarzuty – miał już wówczas poważniejsze problemy. Królowi brakowało pieniędzy na żołd dla żołnierzy, musiał w tym celu zastawić własną srebrną zastawę stołową. Pomiędzy żołnierzami dochodziło do konfliktów, trwała agitacja ze strony przedstawicieli rokoszan, a wojsko groziło zwołaniem koła, którego przebieg trudno było przewidzieć.
7 września zjazd sandomierski uchwalił artykuły, w których znalazł się rokoszowy plan naprawy Rzeczypospolitej. Trzy dni wcześniej to samo uczynili zebrani pod Wiślicą stronnicy monarchy. Konfrontacja zbrojna wydawała się być najbardziej prawdopodobnym rozwiązaniem. Rokoszanie wybrali hetmana w osobie Zebrzydowskiego i uchwalili świadczenia finansowe na utrzymanie wojska. Przewaga królewska była jednak na tyle duża, że zwolennicy wojewody krakowskiego rozpoczęli odwrót. 25 września król wraz z wojskiem i senatorami udał się pod Sandomierz, cały czas prowadząc negocjacje za pośrednictwem kasztelana krakowskiego Janusza Ostrogskiego. Żółkiewski musiał zrezygnować z dowodzenia wojskami królewskimi z powodu choroby. Współcześni powątpiewali jednak w jej prawdziwość. Na stanowisku dowódcy zastąpili go Jan Potocki oraz wojewoda bracławski Janusz Zbaraski. 30 września oddziały królewskie nawiązały kontakt z wycofującymi się rokoszanami, po czym 2 października dogoniły ich nad Wisłą pod Janowcem. Obie strony stanęły w szyku bojowym, ale przewaga wojsk królewskich była zbyt duża, szczególnie że przez Wisłę przeprawił się już oddział „Diabła” Stadnickiego, który nie zamierzał wracać i wspomagać niedawnych sojuszników. Dzięki mediacji senatorów doszło do zawarcia porozumienia: Zebrzydowski wraz z Januszem Radziwiłłem przeprosili monarchę, co zapobiegło bratobójczemu starciu. Nie wydaje się jednak, aby ktokolwiek w Rzeczypospolitej wierzył w trwałość układu janowieckiego.
Król, zgodnie z postanowieniami z Wiślicy i Sandomierza, zobowiązał się w nim do naprawy Rzeczypospolitej na najbliższym sejmie walnym. Najbardziej radykalna część opozycjonistów nie miała zamiaru na to czekać. W dniach 12–15 lutego 1607 roku w Kole odbył się kolejny zjazd rokoszowy, na którym pojawili się szlacheccy przeciwnicy Zygmunta III z Wielkopolski. Jednym z rezultatów spotkania był apel do Żółkiewskiego, aby wycofał wojska na Ukrainę. Podjęto także decyzję, aby nie czekać na sejm i zwołać następny zjazd na 28 marca w Jędrzejowie, o czym poinformowano Zebrzydowskiego i Radziwiłła. Król niemal równocześnie wyznaczył rozpoczęcie obrad sejmu na 7 maja w Warszawie, a 26 lutego zaapelował do panów braci o cierpliwe oczekiwanie na wyniki obrad parlamentu.
Hetman polny nie miał tym razem problemu z wyborem. Dotychczas rokoszanie atakowali poczynania króla, wobec których Żółkiewski także bywał krytycznie nastawiony. Zjazd kolski podważał autorytet sejmu, ucieleśnienia szlacheckiej Rzeczypospolitej, zwornika jej bytu państwowego, a na to dawny współpracownik Zamoyskiego nie zamierzał pozwolić. Po spotkaniu z królem, które odbyło się 27 kwietnia w Krakowie, towarzyszył monarsze wespół z oddziałami gwardii oraz pocztami magnackimi w drodze do Warszawy. 6 maja przybyli do miasta, gdzie dzień później rozpoczął się sejm, na którym Żółkiewski wraz z innymi senatorami brał udział w pracach nad stworzeniem konstytucji opartych głównie na postanowieniach wiślickich. Odpierał przy okazji ataki części posłów zarzucających mu niezgodne z prawem wykorzystanie wojsk kwarcianych w poprzednim roku. Krytycy powoływali się na ustawy, w myśl których wojsko powinno stacjonować na pograniczu, na co Żółkiewski odpowiadał, że podstawowym obowiązkiem żołnierzy jest obrona majestatu królewskiego, zagrożonego poczynaniami rokoszan.
Zjazd jędrzejowski rozpoczął się dopiero 2 kwietnia, a pod nieobecność Zebrzydowskiego i Radziwiłła prym wodzili szlacheccy uczestnicy rokoszu na czele z Piotrem Łaszczem, Marcinem Broniewskim oraz Prokopem Pękosławskim. Pomiędzy uczestnikami zjazdu a patrolującymi okolicę oddziałami regalistów dochodziło do drobnych utarczek, które nie przeszkodziły w obradach, niezbyt jednak licznych, bowiem większość społeczeństwa szlacheckiego uznawała sejm za okazję do naprawy państwa. Nawet niektórzy spośród rokoszan – jak Łaszcz – chcieli oczekiwać na wynik obrad sejmu, podczas gdy Pękosławski i jego zwolennicy wątpili w zdolność parlamentu do skutecznego reformowania Rzeczypospolitej i woleli wypowiedzieć posłuszeństwo władcy możliwie jak najszybciej. Pierwsza z wyżej wymienionych opcji zyskała poparcie nie tylko Zebrzydowskiego i Radziwiłła, ale także większości.
Na przełomie kwietnia i maja rokoszanie ruszyli przez Wąchock, Sieciechów, Kozienice i Warkę pod Warszawę, ale droga zajęła im ponad miesiąc, pod Jeziornę dotarli bowiem dopiero około 22 czerwca, po czym dwa dni później wypowiedzieli Zygmuntowi III posłuszeństwo. W obozie znajdowało się wówczas niezbyt wiele ludzi, skoro akt detronizacyjny podpisało około 400 osób. Starcie zbrojne było nieuchronne i król w nocy z 28 na 29 czerwca opuścił Warszawę, po czym skierował się w stronę obozu rokoszowego. Towarzyszyło mu około 8 tysięcy żołnierzy, których trzon stanowiły wojska kwarciane pod komendą Żółkiewskiego. Hetman polny miał spore problemy z utrzymaniem dyscypliny w szeregach nieopłaconego wojska, w którym na dodatek czynni byli rokoszowi agitatorzy. Krążyły pogłoski o przekupieniu całych chorągwi przez Zebrzydowskiego. Żołnierze nie mieli ochoty brać udziału w bratobójczym starciu, buntowały się nie tylko chorągwie husarskie, ale także piechota. Na żądanie wojska hetman musiał zezwolić na podjęcie rokowań z rokoszanami, ale pomimo wysłania dwóch poselstw nie doszło do porozumienia, co więcej, omal nie doszło do pobicia jednego z posłów kwarcianych – rotmistrza Jana Gratusa Tarnowskiego. 29 czerwca hetman miał się spotkać z wojewodą krakowskim, ale z nie całkiem jasnych przyczyn do spotkania nie doszło. Neutralność w zbliżającym się konflikcie zachował kasztelan krakowski Janusz Ostrogski, który przyprowadził na Mazowsze ponad 4 tysiące ludzi.
29 czerwca Zebrzydowski ruszył na południe, dzień później w ślad za nim ruszyła armia królewska. Do pierwszego starcia doszło 1 lipca pod Warką, gdzie część wojska rokoszowego przy przeprawie przez Pilicę usiłowała bezskutecznie powstrzymać oddziały Zygmunta III. Obie strony stanęły następnie w szyku bojowym, ale do walki nie doszło, ponieważ w wojsku kwarcianym ponownie zrodził się bunt i kilka chorągwi odmówiło podjęcia walki. Strona królewska zaproponowała rokowania, na które osłabieni rokoszanie skwapliwie się zgodzili. Żółkiewski spotkał się z posłami rokoszowymi, przy czym uzgodniono, że rozmowy będą kontynuowane 2 lipca. Rokoszanie nie dotrzymali słowa i wycofali się w kierunku Radomia. 2 lipca Żółkiewski wraz z towarzyszącym królowi hetmanem wielkim litewskim Janem Karolem Chodkiewiczem odbyli sąd wojskowy, na którym skazano grupę około 5–25 żołnierzy zamieszanych w bunt z poprzedniego dnia. Jednego z żołnierzy, Wiktora Leśnickiego, porucznika chorągwi husarskiej Jędrzeja Żaboklickiego, powieszono jako głównego prowodyra zajść. Raz jeszcze udało się przywrócić dyscyplinę w armii królewskiej.
5 lipca wojska Zygmunta III dogoniły oddziały rokoszowe pod miejscowością Guzów w pobliżu Radomia i zmusiły je do bitwy. Żółkiewski toczył spór o komendę nad wojskiem z Chodkiewiczem oraz braćmi Janem i Jakubem Potockimi, jednak dzięki obecności w obozie Zygmunta III można było przyjąć, że komendę sprawuje sam monarcha. W czasie bitwy hetman polny dowodził lewym skrzydłem, gdzie rozmieszczono kwarcianych, a naprzeciw niego znalazł się Jan Szczęsny Herburt. Po prawej stronie znajdował się Chodkiewicz, za przeciwnika mając Janusza Radziwiłła, podczas gdy centrum zawiadywał Jan Potocki, zmagający się z oddziałami Zebrzydowskiego.
Pomimo przewagi strony królewskiej – rokoszanie dysponowali około 5 tysiącami ludzi – Radziwiłł rozbił Chodkiewicza i uderzył na obóz królewski, którego nie zdołał zająć, choć przez moment król znalazł się w poważnych opałach. Opór piechoty w centrum oraz kontratak Potockiego i Chodkiewicza, który przywrócił zdolność bojową swoim oddziałom, doprowadziły do rozbicia chorągwi radziwiłłowskich. Na skrzydle Żółkiewskiego sytuacja była znacznie łatwiejsza, bowiem oddziały Herburta bez walki wycofały się z pola bitwy, tak że hetman polny nawet nie rzucił do boju wszystkich swoich sił. Podobnie jak Herburt, także Zebrzydowski niemal bez walki oddał pole w obliczu ataku wojsk starosty kamienieckiego. Strona królewska wygrała bitwę i rozpoczęła pościg, który z góry skazany był na niepowodzenie, bowiem Zygmunt III i Żółkiewski hamowali żołnierzy. Straty obu stron nie były duże, autor analizy starcia guzowskiego Radomir F. Grabowski szacował je na 30–40 ludzi po stronie królewskiej oraz około cztery razy więcej po rokoszowej.
Zwycięstwo guzowskie zlikwidowało niemal całkowicie militarne zagrożenie dla władzy królewskiej, choć jeszcze przez kilka miesięcy przywódcy opozycji bezskutecznie starali się zebrać wojsko i ponownie rzucić królowi wyzwanie. Większym problemem dla monarchy i Żółkiewskiego były nieopłacone wojska kwarciane oraz lawinowo rosnąca liczba oddziałów – tak królewskich, jak i rokoszowych – które łupiły ludność cywilną niezależnie od jej poglądów politycznych. Przez najbliższe pół roku Żółkiewski z pewnymi sukcesami starał się rozbijać te grupy, nie miał natomiast większego interesu w prześladowaniu dawnych przyjaciół. Co prawda Jan Szczęsny Herburt – podobnie jak Pękosławski – dostał się do niewoli królewskiej jeszcze w lipcu, ale los ten ominął Zebrzydowskiego, który rozpoczął długotrwałe negocjacje z królem za pośrednictwem hetmana polnego, który utrzymywał z nim intensywną korespondencję. Sprawa ciągnęła się bardzo długo, a król był do tego stopnia zniecierpliwiony, że oskarżał hetmana o przewlekanie rozmów. Zaufanie monarchy do Żółkiewskiego nadszarpnęła także decyzja, aby przerzucić wojsko kwarciane spod Zawichostu na Ruś. Zygmunt III nie miał jednak wyboru. Pod nieobecność Potockich, którzy ruszyli do Mołdawii, aby osadzić na tamtejszym tronie Konstantego Mohyłę, Żółkiewski i podległe mu oddziały były monarsze niezbędne. Napięcie między królem a hetmanem szybko się skończyło, a w marcu 1608 roku Żółkiewski objął urząd wojewody kijowskiego po zmarłym księciu Konstantym Wasylu Ostrogskim. Znamienne jest jednak to, że Zygmunt III nie zdecydował się oddać hetmanowi polnemu buławy większej.
Ostatecznie dzięki wysiłkom Żółkiewskiego wojewoda krakowski – po rozmowie z hetmanem dwa dni wcześniej w Mogile – przybył 29 kwietnia na konwokację senatorską do Krakowa, gdzie uroczyście przeprosił króla. Miesiąc wcześniej rada senatu amnestionowała pozostałych rokoszan, z których jedynie Prokop Pękosławski, Herburt oraz kasztelan parnawski Piotr Stabrowski spędzili nieco czasu w więzieniu. Rokosz sandomierski zakończył się zatem swoistym kompromisem. Zebrzydowski, Radziwiłł et consortes musieli pogodzić się z obecnością Zygmunta III na tronie, monarcha zaś zrezygnował z prób wzmocnienia swej władzy. Stanisław Żółkiewski walnie przyczynił się do takiego obrotu sprawy. Zapewniając wsparcie wojsk kwarcianych i utrzymując wśród nich dyscyplinę, umożliwił królowi militarny sukces tak w 1606, jak i w 1607 roku. Jego zachowanie po bitwie guzowskiej oraz wytrwała praca na rzecz pogodzenia króla z Zebrzydowskim pokazują równocześnie, że hetman nie miał najmniejszego zamiaru surowo karać buntowników, którzy byli jego rodakami i w sporej części dawnymi towarzyszami broni. Nie był w tym odosobniony, wszak Jan Karol Chodkiewicz – przy całej niechęci do Janusza Radziwiłła – w liście do żony nazwał swych adwersarzy spod Guzowa „niebożętami”. Można przypuszczać, że hetman polny pozostał wierny zasadzie właściwej dla staropolskiej kultury prawno-politycznej, która zaleca dążenie do takiego rozstrzygnięcia sporu, najlepiej w drodze ugody, aby obie strony mogły następnie bez większych trudności funkcjonować w ramach tej samej społeczności.
