Hetman polny koronny Stanisław Żółkiewski w czerwcu 1605 roku, wraz ze śmiercią dotychczasowego posiadacza wielkiej buławy, kanclerza koronnego Jana Zamoyskiego, został jedynym dowódcą wojsk kwarcianych. Dowodził tym jedynym w Koronie stałym wojskiem przez piętnaście lat, do swojej śmierci 6 października 1620 roku pod Mohylewem, z niemal dwuletnią przerwą w latach 1609–1611, kiedy walczył u boku Zygmunta III w Państwie Moskiewskim. Można jednak zaryzykować twierdzenie, że tryumfator spod Kłuszyna na czele kwarcianych spędził najwięcej czasu, co niewątpliwie wywarło wielki wpływ na kształtowanie się jego umiejętności dowódczych.
Był to niewątpliwie niełatwy czas zarówno dla hetmana, jak i jego podkomendnych. Najazdy tatarskie stawały się coraz częstsze i przynosiły ze sobą coraz więcej zniszczeń, zwłaszcza po 1615 roku. Wraz z utratą tronu hospodarskiego przez rodzinę Mohyłów oraz dwiema nieudanymi próbami zbrojnego przywrócenia władzy jej przedstawicielom (1612 oraz 1615–1616) pogorszeniu uległy relacje z Mołdawią, przy czym wrogość zmniejszyła się dopiero wraz z osadzeniem przez Turków w Mołdawii Gaspara Grazzianiego. Coraz bardziej wojowniczy stawał się książę Siedmiogrodu Gábor Bethlen, który usiłował skłonić Portę Ottomańską do rozpoczęcia działań wojennych przeciwko Rzeczypospolitej. Zadanie miał ułatwione za sprawą działań Kozaków zaporoskich, którzy z powodzeniem atakowali tureckie wybrzeża Morza Czarnego, docierając nawet do Stambułu. Nic więc dziwnego, że groźba wojny z potężnym państwem Osmanów była coraz poważniejsza. Hetman musiał się także borykać z Kozaczyzną, rosnącą w siłę przy okazji wojny z Moskwą oraz najazdów na posiadłości tureckie i tatarskie. Co prawda udało się uniknąć otwartego konfliktu na wzór powstania Nalewajki i Łobody w latach 1594–1596, ale hetman trzykrotnie musiał mobilizować podległe mu oddziały oraz prywatne wojska ukrainnych potentatów, aby zmusić nieposłusznych mołojców do korzystnego dla Rzeczypospolitej kompromisu. Na domiar złego po śmierci Zamoyskiego z całą mocą wybuchł w Polsce konflikt pomiędzy Zygmuntem III a częścią dawnych stronników kanclerza koronnego z wojewodą krakowskim Mikołajem Zebrzydowskim na czele. Doszło wówczas do zbrojnej konfrontacji, w której poważną rolę odegrali właśnie kwarciani pod komendą hetmana polnego.
Czasy zwierzchnictwa Żółkiewskiego nad wojskiem kwarcianym można podzielić na dwa okresy. W latach 1605–1609 oraz 1611–1612 hetman polny musiał tolerować w wojsku wpływy braci Potockich: Jana, pisarza polnego koronnego oraz wojewody bracławskiego, Jakuba, który odziedziczył województwo po zmarłym Janie, Stefana, starosty felińskiego, oraz Andrzeja, kasztelana kamienieckiego. Każdy z wyżej wymienionych stał na czele chorągwi husarskiej w wojsku kwarcianym. Z tego względu można nawet mówić o osobnym pułku, na czele którego Jan Potocki wyruszył w 1607 roku do Mołdawii, aby osadzić na tamtejszym tronie Szymona Mohyłę. Ponadto bracia – szczególnie Jan – realizując monarszą politykę względem południowego sąsiada, cieszyli się zaufaniem oraz łaską Zygmunta III. Trudno jednak mówić o wrogości pomiędzy hetmanem a Potockimi, przynajmniej do czasu wyprawy pod Smoleńsk. Pod murami twierdzy pomiędzy hetmanem a wojewodą bracławskim dochodziło do sporów związanych z dowodzeniem wojskiem w imieniu Zygmunta III. Należy jednak pamiętać, że jeszcze przed rozpoczęciem tej wojny hetman uczynił Jana Potockiego, obok samego monarchy, arcybiskupów: gnieźnieńskiego Wojciecha Baranowskiego oraz lwowskiego Jana Zamoyskiego, biskupów: krakowskiego Piotra Tylickiego oraz chełmińskiego Wawrzyńca Gembickiego, wojewody ruskiego Stanisława Golskiego oraz kasztelana poznańskiego Jana Ostroroga, jednym z siedmiu pierwotnych opiekunów swego jedynego syna, Jana, co może świadczyć o tym, że wówczas darzył wojewodę bracławskiego zaufaniem. W latach 1610–1613 śmierć dotknęła kolejno Andrzeja, Jana oraz Jakuba, podczas gdy Stefan w toku jeszcze jednej nieudanej wyprawy mołdawskiej w 1612 roku dostał się do niewoli tureckiej, z której powrócił pod koniec 1616 lub na początku 1617 roku. W ten sposób zakończył się okres samodzielnej roli klanu Potockich w wojsku koronnym za czasów Żółkiewskiego.
Wybitny znawca dziejów armii koronnej siedemnastego stulecia Jan Wimmer wskazywał na powiększenie wojska kwarcianego pomiędzy 17 sierpnia 1605 a 17 lutego 1606 roku do 1600 stawek żołdu. Hetman przyjął do służby trzy nowe chorągwie husarskie oraz przekształcił chorągiew kozacką Stanisława Golskiego w husarską, co w sumie dało 900 koni, 300 kozaków oraz po 200 piechurów w Lubowli oraz Kamieńcu. W kolejnych miesiącach 1606 roku rosła liczba jazdy: w lipcu 1606 zaciągnięto sześć nowych chorągwi husarskich (w sumie było ich już 15) oraz dziewięć kozackich (w sumie 12), co dało odpowiednio 1476 koni husarii oraz 1200 koni kozaków. W październiku na służbie królewskiej znalazły się jeszcze dwie nowe chorągwie husarskie, co podniosło liczebność tej jazdy do 1740 koni. W sierpniu oraz we wrześniu 1606 roku pod Wiślicą stacjonowało 1250 husarii oraz 1100 kozaków, stanowiących trzon liczących ponoć 11 000 żołnierzy wojsk królewskich. Na Podolu zostało nieco ponad 200 husarii, 100 kozaków oraz 500 wybrańców. Latem następnego roku król zgromadził około 12 000 ludzi, z czego 2500 stanowili kwarciani Żółkiewskiego.
Podobną liczebność kwarcianych odnotowano w latach 1608–1609, choć niektóre jednostki, w tym chorągiew husarska Romana Rożyńskiego, udały się na służbę do Dymitra II. Hetman zreorganizował w tym czasie podległe mu wojsko, zwiększając liczbę husarzy kosztem kozaków (2300–2400 koni do 300). Latem 1609 roku Żółkiewski, wyruszając na wyprawę pod Smoleńsk, pozostawił na Podolu pod rozkazami regimentarza, wojewody ruskiego Stanisława Golskiego, osiem chorągwi husarskich oraz trzy kozackie; w październiku dodano do nich jeszcze trzy chorągwie husarskie. Od 6 stycznia do 6 kwietnia 1610 roku było to 1400 koni. Hetman zabrał do Moskwy jedenaście chorągwi husarskich, powiększając ich stan, bowiem na rozkaz króla przyjęto do służby 16 chorągwi husarskich oraz 9 kozackich.
Po powrocie Żółkiewskiego na Ukrainę w połowie 1611 roku na Podolu służyło 1400 jazdy i 250 piechoty w Kamieńcu oraz Chocimiu. Wiosną następnego roku liczba husarii wzrosła do 2000 stawek żołdu. W oddziałach Stefana Potockiego znalazło się 16 rot husarskich oraz 7 kozackich (odpowiednio 2060 oraz 900 koni), do tego jeszcze 1200 piechoty oraz 4000 kozaków. Jednak po Sasowym Rogu hetman zdołał zgromadzić jedynie sześć chorągwi husarskich (700 koni) oraz cztery kozackie (500 koni). Można zatem powiedzieć, że rok 1612 przyniósł ze sobą poważny kryzys całej formacji. Część chorągwi zabranych przez Żółkiewskiego na wyprawę smoleńską nigdy nie wróciła do służby ze względu na znaczne straty poniesione przy oblężeniu Smoleńska, w bitwie kłuszyńskiej oraz podczas obrony Moskwy, a następnie udziału w konfederacjach zawiązanych przez część załóg Moskwy oraz Smoleńska. Chorągwie kwarciane stanowiły również trzon armii Potockiego, rozbitej przez Turków, Tatarów oraz Mołdawian pod Sasowym Rogiem. Hetman polny stanął przed zadaniem odbudowy stałego wojska na Ukrainie.
Z wielu powodów nie było to zajęcie łatwe. Skarb koronny świecił pustkami po kataklizmie czterech konfederacji wojskowych, które na domiar złego przyczyniły się do upadku autorytetu kadry dowódczej oraz rozluźnienia dyscypliny. Żółkiewski narzekał na szlachecką elitę, która nie garnęła się do służby, szczególnie w obliczu – jak ujmował to hetman – zaostrzenia prawa względem niezdyscyplinowanych żołnierzy oraz prób obniżenia żołdu. Zwycięzca spod Kłuszyna zdawał sobie zresztą sprawę z konieczności lepszego zaspokojenia potrzeb bytowych podkomendnych, proponując na sejmach wprowadzenie hiberny, rozumianej jako znalezienie sposobów na utrzymanie wojska skupionego przez cały rok na Ukrainie, a co za tym idzie rezygnacji z przyznawania leży w głębi kraju. Sprawa była przedmiotem dyskusji na sejmach w latach 1616–1619. W trakcie pierwszego z nich Żółkiewski przedstawił skrypt O chowaniu żołnierza kwarcianego, przewidujący rozlokowanie trzytysięcznej armii przez cały rok w pobliżu szlaków tatarskich, przy założeniu, że zaopatrzeniem w żywność zajmowałby się specjalnie do tego celu powołany urzędnik, magister annonae czy „prowent maister”, który za pieniądze z kwarty nabywałby żywność po cenach określonych przez sejm, składowałby ją w Winnicy, skąd po tej samej cenie kupowaliby ją żołnierze. Co ciekawe, Żółkiewski odwoływał się przy tym nie tylko do przykładu starożytnych Rzymian, lecz także armii tureckiej, która w jego opinii dysponowała godnymi naśladowania służbami logistycznymi. Jednakże ani ten projekt, ani przedstawiony na sejmie 1619 roku skrypt komisji senatorsko-poselskiej z udziałem hetmana nie znalazły uznania sejmu.
Według szacunków Wimmera w latach 1613–1616 siły podporządkowane hetmanowi należałoby szacować na 700 husarzy, 600 kozaków oraz 200 piechoty. W lutym 1616 roku hetman informował króla o zbliżającej się armii tureckiej Ali paszy, w której szeregach znajdowali się janczarzy oraz artyleria, jak również o najeździe tatarskim. Dysponował wówczas wojskiem liczącym raptem 700 koni, dlatego, rozkładając swoje oddziały na Ukrainie, nakazał z dniem 1 lutego przyjąć dalsze 450 koni. Ponad pół roku później udało mu się zgromadzić w obozie pod Buszą nawet kilkanaście tysięcy żołnierzy, ale większość stanowiły prywatne poczty magnackie, ponadto hetman skłonił monarchę, aby zechciał przeznaczyć część sił towarzyszących udającemu się do Moskwy królewiczowi Władysławowi Zygmuntowi na obronę Ukrainy. W ten sposób w szeregach wojsk hetmańskich znalazło się pięć chorągwi husarskich (550 koni), sześć kozackich (600 koni) oraz cztery chorągwie piechoty polskiej (800 pachołków). Bliżej nieznana część tych oddziałów – pod dowództwem Marcina Kazanowskiego – udała się w 1618 roku pod Moskwę.
Rok później do walki z najazdem tatarskim hetman zgromadził pod Oryninem wedle różnych szacunków od 3300 do niemal 5000 kwarcianych, których szeregi wzmocniła piechota wybraniecka (1500 stawek żołdu) oraz poczty prywatne w sile niemal 9500 żołnierzy, co jednak nie przeszkodziło ordyńcom w spustoszeniu niemałej części południowo-wschodnich ziem Korony. W 1619 roku za sprawą decyzji sejmu wojska kwarciane zostały wzmocnione przez chorągwie powiatowe, Lisowczyków oraz Zaporożców, co pozwoliło hetmanowi na zebranie w obozie warownym koło Mikołajowa nad Dniestrem, gdzie gromadzono nawet broń oraz założono prochownię, niemal 50 000 żołnierzy, w tym ponad 6000 w szeregach wojsk prywatnych. W czasie wyprawy mołdawskiej hetman dysponował jednak znacznie mniejszymi siłami, liczącymi nieco ponad 10 000 żołnierzy, przy czym wedle niektórych źródeł niemal 3000 spośród nich stanowić mieli Lisowczycy, w nikłym stopniu związani z wojskiem kwarcianym.
Należałoby zatem przyjąć, że w tym okresie nieliczne wojska kwarciane były – w razie potrzeby – uzupełniane dodatkowymi zaciągami, obejmującymi m.in. chorągwie powiatowe i Lisowczyków, oraz pocztami prywatnymi. Rodziło to jednak istotne problemy związane z dyscypliną wojskową. O ile nie wydaje się, aby hetman miał poważniejsze problemy z kontrolą nad kwarcianymi, o tyle toczył rozliczne spory – tak o charakterze majątkowym, jak i mające głębsze podłoże polityczne – z przedstawicielami ruskiej oraz ukrainnej elity, w tym książętami Krzysztofem oraz Jerzym Zbaraskimi, co powodowało, że część z nich odmawiała przybycia do obozu lub podporządkowania się rozkazom hetmana. Opłakane skutki tego rodzaju postawy dobitnie pokazało starcie pod Oryninem we wrześniu 1618 roku, podczas którego niesubordynacja części magnatów – w tym nawet silnie związanego z hetmanem Tomasza Zamoyskiego – doprowadziła do poważnych strat w ludziach, zadanych przez Tatarów. Uzupełnianie szeregów poprzez zaciąg Kozaków i Lisowczyków wprowadzało do obozu oddziały w niewielkim lub zgoła żadnym stopniu podporządkowane hetmanowi, tak w aspekcie taktycznym, jak i dyscyplinarnym, co podkopywało morale oraz dyscyplinę i przyniosło opłakane skutki w postaci katastrofy cecorskiej.
Analiza struktury wojska kwarcianego w czasach samodzielnej komendy Stanisława Żółkiewskiego wskazuje na zdecydowaną dominację jazdy nad piechotą, może z wyjątkiem lat 1618–1619, kiedy hetman przygotowywał swoich podkomendnych do działań o bardziej niż zwykle stacjonarnym charakterze, w oparciu o umocniony obóz. Zwycięzca spod Kłuszyna kontynuował w tej materii dzieło swoich poprzedników, świadom zadań postawionych przed podległymi mu chorągwiami, dotyczących zapobiegania najazdom ruchliwych czambułów tatarskich. Piechota występowała głównie w charakterze załóg zamkowych w Kamieńcu Podolskim, Lubowli czy Chocimiu. W obozie pojawiała się rzadko, głównie we wspomnianych wyżej latach 1618–1619. W tym drugim przypadku obok piechoty polskiej pojawiło się – co warte odnotowania – także 320 piechurów niemieckich. Hetman sięgał także chętnie po piechotę wybraniecką, na przykład w obozie pod Oryninem znalazło się aż 1500 piechurów należących do tej formacji.
W przypadku jazdy w latach 1605–1612 dostrzec można wyraźną preponderancję husarii, której liczbę hetman chętnie powiększał kosztem chorągwi kozackich. Szczególnie dobrze widać to zjawisko w latach 1608–1609, kiedy husarze stanowili niemal 90% całości jazdy. W ostatnich trzech latach życia Żółkiewskiego sytuacja uległa pewnej zmianie. Husaria nadal dominowała liczebnie, ale jej znaczenie zmniejszyło się ze względu na zaciąg większej liczby kozaków oraz pojawienie się – początkowo nielicznych – rajtarów. W 1618 roku hetman zgromadził w obozie 1750 husarzy, 150 rajtarów oraz 1200 kozaków (odpowiednio 56, 5 oraz ok. 38%). Rok później proporcje między poszczególnymi oddziałami jazdy wyglądały podobnie: 3920 husarzy, 400 rajtarów oraz 2640 kozaków (czyli odpowiednio 56, ok. 6 oraz 38%). Począwszy od 1619 roku hetman zmuszony był także sięgać po lekkozbrojne chorągwie Lisowczyków, o czym był już mowa powyżej. Warto odnotować, że w szeregach wojska ukrainnego zabrakło miejsca dla chorągwi dragońskich, które w latach 1617–1618 pojawiły się w armii walczącej przeciwko Państwu Moskiewskiemu.
Stanisław Żółkiewski nie zmienił także struktury dowodzenia. Wyprawa cecorska pokazała, że przy mobilizacji liczniejszych oddziałów hetman tworzył pułki, ale nie wydaje się, aby taka potrzeba istniała przed rokiem 1616, kiedy liczebność wojska kwarcianego oscylowała co najwyżej wokół 3000 stawek żołdu. Podstawową jednostką taktyczną była zatem chorągiew dowodzona przez rotmistrza. Trudno jednoznacznie przesądzać, na ile był to stopień tytularny, który nie pociągał za sobą obowiązku osobistej obecności w obozie, a na ile wiązało się z nim rzeczywiste dowodzenie jednostką. Wydaje się jednak, że w omawianym okresie pierwszy z wymienionych modeli urzędu rotmistrza występował rzadziej niż dwie, trzy dekady później.
Zygmunt III zwlekał z nominacją hetmana polnego aż trzynaście lat i dlatego w sztabie hetmańskim pozostawali: strażnicy koronny oraz polny, których zadaniem był rozpoznanie zagrożeń na pograniczu, oboźny, odpowiedzialny za budowę obozu, oraz sędzia wojskowy mianowany na potrzeby konkretnej kampanii. Propozycja Żółkiewskiego dotycząca powołania prowiantmistrza nie spotkała się z uznaniem sejmu. Nieco bardziej skomplikowane relacje łączyły hetmana z pisarzem polnym, ponieważ urząd ten piastował najpierw Jan Potocki (do 1611 roku), później zaś jego brat Stefan, który powrócił z niewoli tureckiej pod koniec 1616 lub na początku 1617 roku. O ile do 1612 roku trudno mówić o podporządkowaniu pisarza polnego hetmanowi, o tyle po klęsce pod Sasowym Rogiem armia musiała sobie radzić bez tego urzędnika, odpowiedzialnego za prowadzenie rejestrów wojskowych oraz wypłatę żołdu, ale równocześnie często – zwłaszcza w czasie piastowania urzędu przez Potockich – dowodzącego częścią sił koronnych. W razie potrzeby hetman powierzał dowodzenie całością lub częścią sił wybranemu rotmistrzowi, jak choćby w 1615 roku, kiedy z bandą Jana Karwackiego walczył starosta wieluński Stanisław Koniecpolski, który – już jako podstoli koronny – ścigał rok później Tatarów.
W lutym 1618 roku Zygmunt III oddał Żółkiewskiemu buławę wielką, po czym niedługo później uczynił hetmanem polnym jego protegowanego oraz zięcia Stanisława Koniecpolskiego, przywracając w ten sposób układ dowodzenia z czasów Jana Zamoyskiego. W jego ramach hetman polny znacznie częściej od swego zwierzchnika przebywał na pograniczu, pilnując kwarcianych oraz usiłując zapobiegać – z mizernym skutkiem – najazdom tatarskim, podczas gdy piastun buławy wielkiej pojawiał się w wojsku przy okazji poważniejszego zagrożenia lub większej kampanii. Wypadałoby w tym miejscu przypomnieć, że Żółkiewski liczył sobie wówczas 71 lat, a lata spędzone na koniu dawały mu się coraz mocniej we znaki, stąd Koniecpolski musiał przejąć sporą część obowiązków hetmańskich.
Można zatem powiedzieć, że Stanisław Żółkiewski – który zdradzał skądinąd niemałe skłonności reformatorskie – nie dokonał poważniejszych zmian w wojsku odziedziczonym po poprzedniku. Należy odnotować wzmocnienie husarii kosztem jazdy kozackiej oraz zaciąg niewielkiej liczby rajtarów czy – znacznie większej – Lisowczyków. Nie wiadomo natomiast, z jakiego powodu zwycięzca spod Kłuszyna nie rozpoczął zaciągu dragonów, co uczyni kilka lat po jego śmierci Stanisław Koniecpolski. Dowodzenie względnie niewielkimi siłami, złożonymi głównie z jazdy, pozostawiło swój ślad na sztuce dowodzenia hetmana, który znacznie lepiej sprawdzał się jako dowódca mniejszych, bardziej jednorodnych oraz mobilnych oddziałów niż większych, złożonych z różnych formacji zbrojnych sił, o czym świadczyć mogą rezultaty starć pod Kłuszynem oraz Cecorą. Jednak w tym konkretnym przypadku trzeba mieć na uwadze strukturę wojsk zabranych przez hetmana na wyprawę 1620 roku, w których znaczną część stanowili Lisowczycy, z najwyższym trudem zachowujący dyscyplinę oraz poddający się rozkazom hetmańskim. Mimo to nie wolno zapominać, że wielką zasługą Żółkiewskiego była odbudowa wojsk kwarcianych po kryzysie w latach 1612–1613, choć o jej szczegółach wiemy szalenie niewiele.
