Trudności wojenne Rzeczypospolitej za rządów Zygmunta III niemało przyczyniły się do przejęcia Prus Książęcych przez elektorów brandenburskich. Mieli oni do tego prawo wskutek zgody udzielonej jeszcze przez Zygmunta Augusta. Po śmierci Jerzego Fryderyka z Ansbachu w 1603 r. kolejni elektorzy – Joachim Fryderyk (zm. 1608) i jego syn, Jan Zygmunt (zm. 1619) – uzyskali kuratelę nad chorym umysłowo księciem pruskim Albrechtem II (zm. 1618). Ba, Jan Zygmunt został nawet jego zięciem, tak iż kolejny elektor, Jerzy Wilhelm (zm. 1640), był zarazem wnukiem księcia pruskiego Albrechta II.
Koligacjom dynastycznym towarzyszyły intensywne zabiegi dyplomatyczne wokół Zygmunta III, który potrzebował pilnie gotówki na wojnę ze Szwecją i Moskwą, a także wsparcia politycznego Hohenzollernów w Rzeszy. Elektorowie nie szczędzili ani jednego, ani drugiego, osiągając wreszcie w 1611 r. formalną zgodę króla i sejmu na przejęcie Prus po spodziewanej rychłej śmierci Albrechta II (który mimo córek nie doczekał się syna). Dodajmy, że stało się to wbrew woli większości samych Prusaków, części posłów polskich, no i nuncjusza, dla którego oddalenie w czasie aneksji Prus do Polski oznaczało zarazem odsunięcie perspektywy ich rekatolicyzacji.
Albrecht II zmarł po długim, acz raczej tytularnym tylko panowaniu, w 1618 r. Rzeczpospolita kończyła właśnie zwycięsko wojnę z Moskwą, ze Szwecją panował chwiejny rozejm. W każdym razie brandenburskie przyjaźń i pomoc nie wydawały się zbytnio potrzebne. Nic dziwnego więc, że Zygmunt III zwlekał z realizacją traktatu warszawskiego sprzed siedmiu lat i nie śpieszył się do oficjalnego przekazania Prus elektorowi. Choć z prawnego punktu widzenia nie miał innego wyjścia…
Stosunki Jana Zygmunta z Prusakami były raczej złe, co działało na korzyść Polski. Elektor zmarł jednak już w 1619 r., nie dożywszy pięćdziesiątki. Jego syn, Jerzy Wilhelm, mając zaś na oku ostateczne przejęcie władzy w Królewcu, dołożył starań, by ułagodzić pruskich poddanych. Poszedł na znaczne ustępstwa, zatwierdził pruskie przywileje i dopuścił opozycję do układania nowego prawa krajowego dla Prus Książęcych (jesień 1620 r.). Tak zapewniwszy sobie przynajmniej neutralność Prusaków, mógł rozpocząć szturm na Warszawę. Chyba nie przypuszczał, że w sukurs przyjdzie mu nieoczekiwany zgoła sojusznik – sułtan Osman II.
Klęska cecorska, śmierć kanclerza i hetmana wielkiego koronnego Stanisława Żółkiewskiego, niewola hetmana polnego Stanisława Koniecpolskiego i najazd ordy wzbudziły niemały strach w Rzeczypospolitej. Obradujący jesienią 1620 r. sejm w Warszawie pozostawał pod wrażeniem klęski w Mołdawii i bliskiej perspektywy najazdu tureckiego. Pobudziło to sejmujące stany nie tylko do dużej ofiarności w uchwalaniu podatków na zaciąg silnej armii, ale też nastroiło ugodowo wobec roszczeń brandenburskich. Nie czas było drażnić elektora, gdy od południa groziła nawałnica. Toteż na tymże sejmie zgodzono się wreszcie na nadanie lenna pruskiego Jerzemu Wilhelmowi.
Co ciekawe, jednak mało spolegliwy okazał się tym razem król Zygmunt III. Mimo zgody sejmu przeciągał sprawę i doszedł do wniosku, że najpierw trzeba zwołać w Prusach sejm krajowy, w którym mieli wziąć udział polscy komisarze. To oni właśnie zlecili nadradcom pruskim – zastępującym księcia w zarządzie państwem – zwołanie sejmu krajowego. Elektor oczywiście nie mógł zgodzić się na takie naruszenie jego prerogatyw i decyzję komisarzy oprotestował, a sejm zwołał we własnym imieniu.
Sejm pruski stał się areną targów między Polakami a elektorem o cenę dopuszczenia tego ostatniego do przejęcia Prus. Polscy komisarze domagali się m.in. zwiększenia posiłków wojskowych i subsydium finansowego. Ostatecznie w końcu maja 1621 r. sejm uchwalił przekazanie 200 tys. guldenów jako jednorazowego daru dla króla oraz zgodził się na rozstrzygnięcie przezeń spraw spornych w Prusach pod warunkiem przekazania lenna elektorowi. Znajdujący się w potrzebie Zygmunt III przyjął takie rozwiązanie i nadał wreszcie Prusy elektorowi brandenburskiemu. Uroczysty hołd lenny Jerzy Wilhelm złożył Zygmuntowi III w Warszawie 23 września 1621 r. W tym samym czasie pod Chocimiem od trzech tygodni trwały już zacięte walki, w których połączone siły polskie, litewskie i kozackie odpierały turecko-tatarską nawałę, kierowaną przez samego Osmana II. W tych samych dniach Szwedzi pod wodzą Gustawa Adolfa atakowali Rygę i zdobyli ją pod koniec września. Rzeczpospolita, osaczona przez wrogów, z których najbardziej obawiano się Turków, znalazła się w sytuacji przymusowej. Całą uwagę i wysiłek zbrojny państwa skierowano na południowy wschód. Elektor perfekcyjnie to wykorzystał i wymusił wreszcie na Polakach nadanie mu lenna pruskiego. Stało się to dobrą lekcją polityczną dla jego syna, który ponad 30 lat później wykorzystał dramatyczne położenie Rzeczypospolitej i uwolnił Prusy Książęce spod polskiej zależności.
