Andrzej Batory był synem Andrzeja, brata króla polskiego Stefana. W roku 1578 władca sprowadził go do Rzeczpospolitej Obojga Narodów i umieścił w kolegium jezuitów w Pułtusku. Tam przez pięć lat chłopiec pobierał nauki oraz wykazywał się dużą pobożnością. W 1581 r. wuj pozwolił mu na przyjęcie niższych święceń i niemal równocześnie wyjednał mu kanonię warmińską oraz probostwo bożogrobców w Miechowie. Dwa lata później posłował już do Rzymu w celu złożenia papieżowi Grzegorzowi XII hołdu w imieniu dopiero co odzyskanych Inflant. We Włoszech młody Batory kontynuował studia teologiczne. W 1584 r. został koadiutorem biskupa warmińskiego Marcina Kromera. W trakcie pobytu w Rzymie otrzymał także purpurę kardynalską (miał wtedy zaledwie dwadzieścia jeden lat), co było wynikiem nadziei, jakie papiestwo pokładało w królu Stefanie, mającym grać główną role w projektowanej lidze antytureckiej. Drugi raz posłował do Rzymu w 1586 r. i tam też zastała go wiadomość o niespodziewanym zgonie władcy i protektora. W czasie obrad sejmu elekcyjnego kanclerz wielki koronny Jan Zamoyski planował nawet zgłosić jego kandydaturę do tronu polskiego, ale ostatecznie do tego nie doszło.
Początek rządów Zygmunta III Wazy w Polsce były okresem przełomowym dla Andrzeja: coraz mniej czasu poświęcał działalności duszpasterskiej, a coraz aktywniej zajmował się polityką i włączał się w spory rodzinne Batorych w Siedmiogrodzie. Czterej bratankowie króla Stefana starali się w swoim życiu realizować jego ambitne plany, chociaż nie potrafili ustrzec się przed ostrymi konfliktami we własnym gronie. W 1589 r. Zamoyski wyrobił Andrzejowi na sejmie walnym indygenat, aby jak każdy szlachcic polski mógł pełnoprawnie uczestniczyć w życiu politycznym Rzeczpospolitej. Po śmierci biskupa Kromera objął samodzielne rządy w diecezji warmińskiej (i tym samym wszedł do senatu), a dzięki łasce króla Zygmunta III otrzymał w 1593 r. probostwo czerwińskie.
W tym czasie jednak młody kardynał spędzał większość czasu w Siedmiogrodzie: oficjalnie starając się o przywrócenie tam katolicyzmu, a w rzeczywistości biorąc udział w rozlicznych intrygach mających miejsce w tym księstwie za rządów jego stryjecznego brata, Zygmunta Batorego. W 1594 r. został oskarżony przez kuzyna o współdziałanie w spisku szlacheckim, mającym pozbawić księcia tronu. Andrzej wprawdzie zarzuty te odrzucał, ale mimo to prowadził korespondencje z ościennymi krajami oraz snuł własne plany małżeńskie. Na to wszystko niechętnie patrzono w Rzymie, gdzie nie podobał się świecki styl życia kardynała oraz możliwość przejęcia przez niego władzy w księstwie (obawiano się, że w odróżnieniu od brata, nie będzie kontynuował polityki sojuszu z Habsburgami, a zwróci się w stronę Imperium Osmańskiego). Chwiejny książę Zygmunt abdykował na rzecz cesarza Rudolfa Habsburga (za co otrzymał księstwo opolskie i raciborskie), ale niedługo później akt ten cofnął i ponownie objął władzę. W marcu 1599 r. abdykował ponownie, a na swojego następcę zaproponował właśnie Andrzeja. Zszokowana oraz zastraszona, obecnością wojsk rezygnującego z tronu władcy, szlachta 28 marca 1599 r. wybrała na księcia Andrzeja Batorego. Obaj bracia stryjeczni zawarli zresztą ze sobą potajemny układ, gwarantujący Zygmuntowi duże coroczne dochody z określonych majątków ziemskich w Siedmiogrodzie. Były książę liczył również na unieważnienie swojego małżeństwa przez papieża, co miało mu umożliwić zajęcie wszystkich urzędów i tytułów kościelnych, które do tej pory zgromadził Andrzej. Ta niespodziewana elekcja zaskoczyła zarówno siedmiogrodzką, jak i europejską opinię publiczną. Osoby zorientowane w meandrach sytuacji wewnętrznej Siedmiogrodu spodziewały się prędzej wybuchu wojny domowej pomiędzy braćmi, niż porozumienia i „zamiany miejsc”. Na taki obród spraw oczywiście nie zgadzał się Rudolf, który prowadził nieprzyjazną politykę wobec nowego księcia.
Nowy książę, wychowany w Rzeczpospolitej, nie posiadał własnego zaplecza politycznego, a najważniejsze osoby w kraju, chociaż złożyły mu przysięgę posłuszeństwa, to jednak były mu co najmniej niechętne. Czołowi politycy księstwa doszli do władzy po rzezi spiskowców oraz śmierci Baltazara Batorego w 1594 r. i obawiali się, że Andrzej będzie chciał się na nich mścić. Książę od samego początku panowania borykał się również z problemami finansowymi, przez co musiał zaciągać długi u swoich nielicznych zwolenników. Ponadto, nominując na wyższe urzędy swoich zaufanych towarzyszy z okresu pobytu w Polsce, powiększał szeregi opozycji o odsuniętych i urażonych polityków.
W polityce zagranicznej Andrzej Batory starał się lawirować pomiędzy Habsburgami, Imperium Osmańskim i Rzeczpospolitą Obojga Narodów, jednocześnie nie zrywając swoich silnych więzi z papiestwem oraz starając się jak najmocniej podporządkować Mołdawię i Wołoszczyznę. Najszybciej udało się księciu porozumieć z hospodarem mołdawskim Jeremiaszem Mohyłą. Już w lipcu 1599 r. doszło do zawarcia umowy małżeńskiej pomiędzy przyrodnim bratem księcia, a jedyną córką hospodara, która umacniała sojusz tych dwóch państw poprzez związki dynastyczne oraz pozwalała snuć plany na przyszłość o rządach rodu Batorych w Jassach. Natomiast w hospodarstwie wołoskim miało dojść do obalenia Michała Walecznego, którego miałby zastąpić albo Szymon Mohyła albo Stefan Batory. Jednak wiosną i latem Andrzej nie czuł się jeszcze na siłach do przeprowadzenia tej zmiany, obawiając się reakcji Habsburgów (z którymi, tak samo jak z Siedmiogrodem, Michał Waleczny zawarł sojusz), jak i Imperium Osmańskiego, które zatwierdziło władzę księcia wołoskiego. Dlatego też w czerwcu 1599 r. doszło do zawarcia sojuszu pomiędzy Siedmiogrodem i Wołoszczyzną, który był efektem odłożenia sprawy zmiany władcy w Bukareszcie na bliżej nieokreśloną przyszłość. Co ważne, sam Michał Waleczny zdawał sobie sprawę z zamysłów Batorego oraz obawiał się, że jego akcja może zostać powiązana z działaniami Rzeczpospolitej, dążącej do umocnienia swojej pozycji w księstwach naddunajskich. Dlatego też hospodar wołoski jeszcze bardziej zacieśnił kontakty z cesarzem Rudolfem oraz dążył do neutralizacji Andrzeja Batorego.
Trudniejszym wyzwaniem dla władcy Siedmiogrodu było znalezienie miejsca dla księstwa pomiędzy sułtanem a cesarzem, toczącymi w tym czasie ze sobą wojnę. Za rządów Zygmunta księstwo było związane sojuszem z tym drugim władcą, natomiast toczyło wojnę z pierwszym. Andrzej Batory dokonał zwrotu w polityce księstwa, nawiązując rokowania pokojowe z Imperium Osmańskim, jednocześnie grając na zwłokę do czasu jasnego wyklarowania się sytuacji na zachodzie. Nie chciał zwrócić zamków zajętych przez swojego poprzednika, domagał się potwierdzenia przez Stambuł rządów swoich oraz swoich następców oraz prosił o zwolnienie z obowiązku udziału w wojnach przez sułtana. W zamian miał odstąpić od cesarza i uznać się lennikiem Wysokiej Porty. Tak wygórowane warunki zostały odrzucone przez stronę turecką, jednakże negocjacje nadal trwały, ponieważ w Stambule bardzo liczono na zmianę strony przez księcia w toczącej się ciągle wojnie. To zaś miało doprowadzić również do ściślejszego podporządkowania obu hospodarstw Imperium Osmańskiemu.
O wiele trudniej wyglądała kwestia rokowań, a właściwie to ich braku z Rudolfem Habsburgiem. Cesarz konsekwentnie odrzucał wszelkie propozycje rozmów, obawiając się, że kolejnym krokiem w ambitnej polityce Batorego będzie zawarcie pokoju z Turkami oraz próba podporządkowania sobie pozostających pod władzą Habsburgów austriackich Górnych Węgier. Niezgodne z polityką dworu wiedeńskiego były również starania Andrzeja o utworzenie silnego bloku trzech księstw naddunajskich, mogących zdobyć się na całkowitą niezależność zarówno od sułtana, jak i od cesarza. Rudolf przygotowywał się do interwencji militarnej w księstwie oraz zachęcał Michała Walecznego do najazdu na Siedmiogród. Wysyłał również listy do stanów księstwa, Szeklerów i Sasów siedmiogrodzkich, starając się podważyć ich lojalność wobec księcia. Za namową Jana Zamoyskiego, Andrzej Batory poprosił o pośrednictwo w rozmowach króla Zygmunta III Wazę, jednakże cesarz odrzucił propozycję mediacji w sporze. W konflikt zaangażował się również papież Klemens VIII, który nie chciał, aby przez nieprzejednaną postawę Habsburgów doszło do wycofania się Siedmiogrodu z sojuszu antytureckiego. Pośrednictwa pomiędzy zwaśnionymi stronami podjął się nuncjusz Germanicus Malaspina, który znał księcia jeszcze z czasów pobytu obydwu w Rzeczpospolitej za rządów króla Stefana. Jednakże w Wiedniu usłyszał on jedynie propozycję skłonienia Andrzeja do abdykacji, co z góry skazywało jego misję dyplomatyczną na niepowodzenie. Pomimo tego, udał się do Alba Julia i tam doradzał Batoremu unikanie za wszelką cenę rozlewu krwi chrześcijańskiej. Sam książę deklarował gotowość do zawarcia sojuszu z cesarzem, a jego pozycję umacniały propozycje z Krakowa, gdzie starano się doprowadzić do otoczenia opieką Siedmiogrodu, a nawet proponowano księciu małżeństwo z Anną Wazówną.
Wobec rosnącego zainteresowania Rzeczpospolitej i papiestwa sprawami księstwa, Rudolf Habsburg nie zdecydował się na otwarty atak – wojska cesarskie zatrzymały się na granicy Siedmiogrodu, a do obalenia Andrzeja wykorzystano Michała Walecznego. Natomiast z drugiej strony miał zaatakować Stefan Bocskai, dawny członek rady książęcej i zaciekły wróg Batorego, od chwili objęcia przez niego tronu pozostający na emigracji. Plany te, przez kilka miesięcy odkładane w czasie, wyszły na jaw i dotarły również do Siedmiogrodu. Kardynał wierzył jednak przysiędze złożonej przez hospodara wołoskiego, a wysłani przez niego do Bukaresztu posłowie nie zauważyli żadnych przygotowań do wojny. W tej sytuacji, atak Michała Walecznego w październiku 1599 r. był całkowitym zaskoczeniem dla Batorego. Oskarżył Malaspinę o to, że jego próba mediacji miała być tylko zasłoną dymną, za którą skrywały się prawdziwe działania cesarza i hospodara. Jednocześnie rozesłał wici, choć jego armia została osłabiona zdradą Szeklerów. Książę, pomimo przewagi liczebnej przeciwnika, zdecydował się wydać mu bitwę. W ten sposób chciał w jednym starciu rozstrzygnąć wojnę, niepewny postawy wojsk cesarskich.
Do starcia doszło 28 października 1599 r. pod Sybinem. Zacięta bitwa skończyła się klęską wojsk siedmiogrodzkich. Sam Andrzej Batory na czele małego oddziału przedzierał się w stroną Mołdawii, chcąc stamtąd udać się do Rzeczpospolitej. Został jednakże rozpoznany i zamordowany przez Szeklerów 31 października 1599 r., którzy jego odciętą głowę ofiarowali Michałowi Walecznemu. Natomiast zwłoki księcia, za zgodą zwycięzcy, pochowano uroczyście w Alba Iulia.
Śmierć Andrzeja Batorego, będącego również kardynałem, doprowadziła do poważnego rozdźwięku pomiędzy papieżem, a cesarzem. Ponadto Klemens VIII obłożył klątwą wieś Csikszentdomokos, z której pochodzili mordercy księcia, a pokutą dla niej miał być stuletni post. Niezwykłe okoliczności samej śmierci władcy Siedmiogrodu, jak i papieskie represje za nią doprowadziły do tego, że to właśnie on spośród pięciu książąt z dynastii Batorych, najtrwalej zapisał się w tradycji ludowej mieszkańców Siedmiogrodu. I stało się tak nawet pomimo tego, że jego rządy trwały niespełna rok. A sam Andrzej Batory stał się bohaterem wielu podań i legend, odwołujących się do tradycji biblijnej.
