Pochodził z Wrocławia. Urodził się zapewne w roku 1630. Od 1681 r. piastował urząd nadwornego budowniczego Jana III. Tytułu tego używał w 1686 r., kiedy w katedrze na Wawelu chrzcił swą córkę Annę (z zapisu metryki wynika, że jego żona miała na imię Katarzyna). Podobnie było w 1689 (chrzest córki Teresy Anny). Latem 1690 jego żona, matka chrzestna Jakuba Birońskiego, wpisała się do księgi metrykalnej katedry Wawelskiej jako żona architekta królewskiego. Z zapisów tych wynika, że rodzina Bebera mieszkała na Wawelu i była mocno związana z królewską rezydencją. Beber otrzymał funkcję burgrabiego zamku krakowskiego. Dla Sobieskiego pracował w Żółkwi, gdzie wzniósł szpital, ratusz, arsenał i synagogę (1687). Pracując jako kierownik robót przy tutejszym zamku (1685–1694), zbudował jeden z pierwszych portyków pałacowych na ziemiach polskich. W pobliskim Kukizowie postawił dla Jana III okazały drewniany dwór (po 1684). Przypisywana mu jest budowa obronnego dworu w Jaryczowie (1685–1688).
Beber, specjalista od budownictwa drewnianego, był cieślą z wykształcenia i imponował współczesnym biegłością stawiania kopuł i hełmów wież. W Krakowie, gdzie pracował przy odbudowie wieży ratuszowej, Jan Gaudenty Zacherl, miejscowy rajca, pisał: „Miałem tego Bebera człeka poczciwego, trzeźwego, wiernego i życzliwego, który tę wieżę budował […] w roku bowiem 1686 sławny Piotr Beber budowniczy króla Jana III całą wieżę ratuszową krakowską nie według godności tego miasta przed kilku laty [w 1684 odbudowa po pożarze z 1680] postawioną, wyniósł z sześciu pomocnikami na łokci 12 od murów, nie spuszczając z niej dwóch wielkich cymbałów zegarowych kilkadziesiąt cetnarów ważących”. Był to majstersztyk – komorę zegarową, bez demontażu mechanizmu, umieszczono bowiem na lewarach śrubowych podnosząc z wolna i od spodu murując wieżę. Całość zwieńczył barokowym hełmem, a samą wieżę wzmocnił od strony zachodniej potężną szkarpą. Sława budowniczego wież dała mu prestiżowe zlecenie we Lwowie, gdzie wystawił górną kondygnację i hełm na wieży Korniaktów przy cerkwi Wołoskiej. Wieża spłonęła w 1672 r. podczas oblężenia Lwowa przez Turków. Stanisław Solski w dziele Architekt polski (1690) pisał: „Kiedy w wieża ruska Korniaktowską […] znacznie nadwerężoną i skołataną została, postanowiło bractwo Stauropigiańskie zrestaurować ją całkiem, o czem król [Jan III] dowiedziawszy się, potrzebne drzewo z lasów swych dziedzicznych wydać rozkazał, i budowniczego swego Piotra Beber do zrobienia abrysu i rady bractwu przeznaczył. Restauracya ta kosztowała znakomitą podówczas summę, bo oprócz drzewa darowanego, 24000 złotych”. W latach 1695–1696 Beber usunął uszkodzenia, podwyższył wieżę o jedno piętro z cegieł i nakrył całość barokowym hełmem z czterema narożnymi, spiralnymi pinaklami u jego podstawy.
Po pożarze wieży klasztoru paulinów wezwano Bebera na Jasną Górę. Pracował tam do 1703 r. O ile dolna część wieży nie uległa większym zmianom, o tyle jej część górna została znacznie przekształcona. Beber wzniósł wysoki, trójkondygnacjowy hełm, drewniany, obity miedzianą blachą, zwieńczony iglicą z wspomnianą banią na szczycie. Umieszczono na niej pamiątkową tablicę: „Surrexit in augusto Monte Mariae turris labore et industria nobilis ac honorati D[omi]ni Petri Beber SRM. architecti et burgrabi arcis cracov[iensi]”.
Ostatnią z odbudowanych przez Bebera świątyń był kościół pw. Najświętszej Marii Panny w Żywcu (1711). Wybudował tam nowy dach i prowizoryczny hełm wieży. Za Augusta II był klucznikiem (wrotnikiem) zamku krakowskiego (co jest wzmiankowane pod datą 1709), do którego kompetencji należał nadzór techniczny nad budynkami zamku. W tej roli podpisał protokół rewizji wielkorządów krakowskich, przeprowadzony na polecenie Augusta II przez Franciszka Goltza na przełomie lat 1709 i 1710. Zmarł w Krakowie, ok. 1711 r. (po tej dacie nie ma o nim wzmianek w dokumentach), i tu najpewniej został pochowany. Jego żona, Katarzyna, w 1730 r. wymieniana jest jako wdowa, właścicielka domu na Wawelu (żyła jeszcze w 1739 r.).
