W testamencie spisanym 7 maja 1572 r. Zygmunt August wyraźnie zastrzegł, iż jego pogrzeb ma być skromny, monarchę pochowano jednak z uroczystościami nadzwyczajnymi, zgodnie z istniejącym już w Polsce od dawna obyczajem.
Ciało królewskie odbyło długą drogę z Tykocina do Krakowa, transportowane wozem, ciągnionym przez konie okryte czarnym suknem z herbami królewskimi. Kondukt, prowadzony przez chorążego koronnego Bernarda Maciejowskiego, wyruszył 10 września 1573 r., zmierzając do Warszawy i zatrzymując się po drodze we wszystkich miasteczkach. Witano go biciem dzwonów i posępnym milczeniem, a w każdym z napotykanych kościołów odprawiano egzekwie. W Warszawie nabożeństwa żałobne trwały dwa dni; uroczystości te zorganizowała królewska siostra Anna Jagiellonka, która też 30 stycznia 1574 r. wyruszyła za konduktem do Krakowa. 9 lutego żałobny orszak przybył do dworu mieszczanina krakowskiego Hochlera na Prądniku i dopiero dwa dni później ruszył na Wawel.
Pochód uformował się na Kleparzu, gdzie przy kościele św. Floriana oczekiwali posłowie cudzoziemscy, duchowieństwo i procesje z różnych świątyń. Stało tam 30 mar obitych złotogłowiem, 30 koni pod jedwabnymi derkami oraz 30 chorążych ziemskich w zbrojach okrytych czarnym suknem. Od kościoła św. Floriana kondukt ruszył drogą królewską, przez Bramę Floriańską ku Wawelowi. Na czele szli żacy, za nimi zakonnicy i wikariusze, kanonicy, doktorowie, mistrzowie i cała Akademia Krakowska. Dalej postępowali opaci, biskupi i 600 ubogich, ubranych w kapy żałobne; następnie jechali chorążowie poszczególnych ziem i dworu królewskiego, za którymi prowadzono wymienionych 30 koni i niesiono tyleż mar przykrytych całunami. Dalej jechał „na pysznym zbrojnym koniu” krajczy koronny Jerzy Mniszech, ubrany w zbroję królewską, a za nim dworzanin Stanisław Garnysz w królewskich szatach, reprezentujący osobę zmarłego Jagiellona. Potem szli pieszo senatorowie. Przed wozem z trumną postępowali: miecznik koronny Andrzej Zborowski niosący miecz, wojewoda sandomierski Piotr Zborowski z jabłkiem królewskim, wojewoda krakowski Jan Firlej z berłem, a kasztelan krakowski Sebastian Mielecki z koroną. Za wozem, otoczonym dworzanami ze świecami w rękach, szła królewna Anna, prowadzona przez legata papieskiego i posła weneckiego. Za posłami zagranicznymi kroczyła rada miasta Krakowa oraz lud stolicy i okolicznych wsi.
W drugim dniu pogrzebu odprawiono egzekwie w kościołach św. Franciszka, Wszystkich Świętych, św. Anny, św. Szczepana i św. Trójcy. Właściwy ceremoniał pogrzebowy odbył się dopiero w dniu trzecim, w kościele św. Stanisława. Mszę celebrował tam arcybiskup Uchański, a kazanie pogrzebowe wygłosił opat mogilski Marcin Białobrzeski. Następnie, zgodnie ze scenariuszem uroczystości, nastąpiły spektakularne obrządki: Jerzy Mniszech „cały w kirysie, pędem wjechał na koniu i przy katafalku z trzaskiem spadł na ziemię”, Jan Firlej złamał laskę marszałkowską, a Walenty Dembiński skruszył pieczęcie koronne. Przy dźwięku dzwonów i śpiewach żałobnych trumnę z ciałem ostatniego Jagiellona spuszczono do grobu.
Warto dodać, iż w rzymskim kościele San Lorenzo in Damaso już 18 października 1572 r. odbyły się egzekwie żałobne ku czci Zygmunta Augusta, a ich oprawę uwiecznił ówczesny włoski miedzioryt, sugestywnie opisany przez francuskiego badacza Emile’a Mâle: „Katafalk, na którym piętrzyły się setki świec rysujących ogniste schody, miał formę wysokiej piramidy; u jej szczytu gigantyczny polski orzeł przysiadl jak gdyby, rozpostarłszy szeroko skrzydła. Całun żałobny otaczał kościół, a na tym czarnym tle odcinały się szkielety – jedne dzierżąc kosy, inne czyniąc ku żyjącym znaki tajemnicze. Siedzący przy katafalku mnisi, nieruchomi, z kapturami nasuniętymi na oczy robili wrażenie zjaw”.
