Należący do Krasińskich pałac, mocno nadwerężony po zniszczeniach dokonanych przez wojska saskie, w 1764 r. nabyła Komisja Skarbowa na potrzeby własne i innych urzędów Rzeczypospolitej, przeprowadzając niezbędne adaptacje. Na drugim piętrze umieszczono kancelarie hipoteczne i notarialne oraz mieszkania urzędników skarbowych; tam właśnie w nocy z 15 na 16 grudnia 1782 r. wybuchł groźny pożar. Jak informowano w pisanej gazetce warszawskiej, „jeden z oficjalistów wysłał chłopca po drewka na komin pod dachem złożone. Ten między drwami przez zapomnienie zostawił świecę. Nazajutrz, przypomniawszy sobie o tym, zastał już dobrze tlejące się drwa i zalał ogień, jak mu się zdawało”. Nie do końca, ponieważ o godzinie dziesiątej płonęło już gwałtownie całe piętro; gorzało tym łatwiej, iż pod dachem zgromadzono 30 sążni drewna opałowego, co wykazało późniejsze śledztwo. Ołów płynący z roztopionych blach, którymi dach był pokryty, utrudniał dostęp do budynku. Wprawdzie oknami wyrzucano, co się dało, m. in. liczne sprzęty i owo nieszczęsne drewno, ale tym samym hamowano na dole dostawę wody do gaszenia pożaru. Trwał on trzy dni. W międzyczasie „trzy razy przybiegał Król Jmć [Stanisław August Poniatowski] i do ratowania lud zachęcał”, udzielali się też osobiście królewski bratanek książę Stanisław i pisarz polny koronny Kazimierz Rzewuski. Ten ostatni „sam siekierą robił, dla zachęcenia przynajmniej, i ku najmocniejszemu przedzierał się ogniowi, aż Król sam Jmć wołał na niego, aby się tak śmiało nie azardował”.
Kiedy pożar ostatecznie ugaszono, na miejsce pogorzeliska przybył król Stanislaw August, w towarzystwie architektów Merliniego i Zawadzkiego, i „wszystkie miejsca dostępne obchodził”, zadawając wiele pytań. Kiedy usłyszał w odpowiedzi, że w kilku z pomieszczeń pałacowych był skład legumin, mięsiw itp. produktów, odrzekł bardzo niezadowolony: „Dopiero się dowiaduję, że w Pałacu Rzeczypospolitej zrobiono magazyn. Będę sam baczność miał, aby na potem w większym Pałac ten był poważaniu”. Architekci zapewnili monarchę, że mury budowli „wszystkie magistralne w zupełnej są mocy i całości”.
Pałac odbudowano w roku następnym kosztem ok. 380 tysięcy złp; dachy pokryto już nie ołowiem, lecz miedzią, a w sali na pierwszym piętrze umieszczono tablicę pamiątkową z datą 24 grudnia 1783 r. Odtąd, jak podaje Antoni Magier, „zabronione było w nim [pałacu] wszelkie mieszkanie, które dawniej do takiego doszło nadużycia, iż podkanclerzy, zasiadając na sądach asesorskich na pierwszym piętrze, był nieraz przymuszonym posyłać na górę, aby przestano tam rąbania drzewa, które bywało przeszkodą posiedzeniom sądowym”.
