Im Jahre 1677 erwarb König Jan III. das Anwesen Milanów. Auf seine Initiative und unter seinem wachsamen Auge entstand hier in den darauffolgenden Jahren ein barocker Palast, der von Augustyn Locci dem Jüngeren entworfen wurde. Rund um den Palast wurden großartige Gärten, ein Vorwerk mit Wirtschaftsgebäuden und ein Tiergarten angelegt. Die Residenz in Wilanów, die in der Nähe von Warschau lag, bot Jan III. und seiner Familie die Möglichkeit, sich zurückzuziehen, war gleichzeitig aber nicht zu weit vom Königsschloss, dem offiziellen Sitz des Königs, des Sejms und des Senats, entfernt, sodass der Monarch die Kontrolle über die aktuellen Geschehnisse nicht verlor.
Zur Zeit von Jan III. bestand der Palast aus dem Hauptteil mit Galerien und Türmen, denen ein zweiteiliger Hof vorgelagert war. Die Seitenflügel wurden auf Initiative von Elżbieta Sieniawska, einer weiteren Besitzerin von Wilanów, nach einem Entwurf von Giovanni Spazzio in den Jahren 1720-1729 erbaut. Sieniawska entschied sich dafür, architektonisch an den Hauptteil des Palastes, der aus der Zeit Jan Sobieskis stammte, anzuknüpfen, weswegen das ganze Ensemble eine harmonische Einheit darstellt.
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Im letzten Viertel des 18. Jahrhunderts beauftragte die damalige Eigentümerin Izabela Lubomirska ihren Architekten Szymon Bogumił Zug, rund um den Hof das Gebäude der Wache, die Küche und die Bäder zu bauen. Obwohl sie bereits im Stil des Frühklassizismus gehalten sind, harmoniert ihre elegante Architektur hervorragend mit dem barocken Palast. Ebenfalls auf Anweisung von Lubomirska wurde der südliche Teil des Gartens im englisch-chinesischen Stil umgestaltet.
Izabela Lubomirska übergab das Anwesen ihrer Tochter Aleksandra und deren Mann Stanisław Kostka Potocki. Dank ihrer Initiative wurde 1805 im Palast von Wilanów ein Museum eröffnet, das für Menschen aus allen Ständen zugänglich war. Die Kunstsammlung, die schon Jan III. begründete und die die weiteren Eigentümern vergrößerten, wurde durch die Ankäufe der Potockis bereichert. Im Palast von Wilanów wurden sowohl die königlichen Gemächer von Jan III. und Maria Kazimiera, gemeinsam mit Andenken an die Familie Sobieski, dem Publikum präsentiert als auch die herausragende Sammlung europäischer, polnischer und orientalischer Kunst. Diese enthielt außergewöhnliche Beispiele für Malerei (Lucas Cranach, Jan Lievens, Peter Paul Rubens, Pompeo Batoni, Angelika Kauffmann, Anton Graff), antike Vasen, Biskuitporzellan sowie orientalisches Kunsthandwerk. Das Glanzstück der Sammlung bleibt bis heute das „Porträt von Stanisław Kostka Potocki zu Pferde“ von Jacques-Louis David, das einzige Werk des großen Malers in einer polnischen Sammlung.
Auf Initiative von Stanisław Kostka Potocki wurde der Garten, der sich vom Palast aus nach Norden erstreckt, im englischen Stil umgestaltet. In ihm entstanden im 19. Jahrhundert u. a. die orientalisch stilisierte Chinesische Laube, die Römische Brücke, die die Gärten mit der Insel verbindet oder das von mittelalterlicher Architektur beeinflusste Gebäude des Pumpwerks. Am gegenüberliegenden Ufer des Sees von Wilanów entstand die Gartenanlage Morysin. Beim Südflügel des Palastes wurde im 19. Jahrhundert ein schöner Rosengarten angelegt, der an die Formen der Neurenaissance anknüpft. Die Dekorationen des italienischen Gartens auf der oberen und unteren Terrasse behielten hingegen ihren Charakter, den ihnen Jan III. gegeben hatte.
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Die im 19. Jahrhundert vorgenommenen Arbeiten waren hauptsächlich darauf ausgerichtet, die Innenräume umzubauen und diese an Museums- und Wohnzwecke anzupassen. Um 1850 wurde die nördliche Fassade des Nordflügels im Stil der Neurenaissance umgebaut. Auch die Kunstsammlung wurde fortlaufend vergrößert. Das letzte Adelsgeschlecht, das Wilanów vor dem Zweiten Weltkrieg besaß, war die Familie Branicki.
Nach dem Zweiten Weltkrieg ging der Palast von Wilanów in das Eigentum des Staates über und wurde 1962 nach breit angelegten konservatorischen Arbeiten als Dependance des Warschauer Nationalmuseums der Öffentlichkeit zugänglich gemacht. Seit 1995 ist er eine eigenständige Einrichtung, die dem Ministerium für Kultur und Nationales Erbe untersteht. Zu Beginn des 21. Jahrhunderts wurden umfangreiche Revitalisierungsarbeiten an der Palastfassade, in den wertvollsten Innenräumen (u. a. den königlichen Gemächern, den Chinesischen Zimmern und den Jagdzimmern) sowie in den Gärten und auf dem Vorgelände, durchgeführt.
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