Nowy Wiśnicz, miasto założone na prawie magdeburskim na mocy przywileju Zygmunta III (8 VI 1616), zajęło teren na południowy wschód od rezydencji Lubomirskich. Zlokalizowane w rozwidleniu dróg z Bochni do Nowego Sącza, wchłonęło część starszej wsi Rogozie. Obszar nowego organizmu przestrzennego wytyczono w formie zbliżonej do kwadratu o bokach 475 metrów. Poprowadzeniem ulic przecinających się pod kątem prostym, wymierzeniem rynku i działek mieszczańskich zajął się Maciej Trapola. W 1626 Stanisław Lubomirski, na prośbę mieszczan wiśnickich, poszerzył obręb miasta, które otrzymało już prawo składu wina, miedzi i żelaza, zwolnienie z ceł na terenie całej Rzeczypospolitej oraz prawo urządzania trzech jarmarków rocznie. Przywileje pozwoliły na ściągnięcie rzeszy kupców. W XVII wieku miasto kwitło, roiło się też od rzeźbiarzy, malarzy, snycerzy i rękodzielników wykonujących zamówienia Lubomirskich. W 1633 w mieście było 12 ulic, ratusz, waga miejska oraz kilkadziesiąt domów mieszczan. W 1639 informacja o Nowym Wiśniczu znalazła się w opisie Europy wydanym przez Dawida Froelicha.
Zgodnie z zapisem: „A to zaiste miasto będzie wolne dla wszystkich, którzykolwiek zechcą się tamże zgromadzić, swoje siedziby założyć i zamieszkać je […], jako też sprawować tam handel i różnorakie rzemiosła i wszelkie inne zajęcia, godne dobrych obywateli”, Stanisław Lubomirski zgodził się, aby w Wiśniczu mieszkali także Żydzi (w 1605 wypędzeni z Bochni), którym wyznaczono osobne przedmieście, gdzie mogli nabywać nieruchomości. Wybudowali w swej dzielnicy bożnicę i szkołę. Starozakonni początkowo zajmowali ulicę Żydowską, ale szybko zaczęli wykupywać parcele w innych częściach miasta, w tym na rynku. Wprawdzie w 1678 Helena Tekla z Ossolińskich Lubomirska (zm. 1687), która po śmierci męża (w 1677) władała Wiśniczem, wydała zakaz osiedlania się Żydów na centralnym placu, ale przepisu nie przestrzegano. W dobie „potopu” i walk toczonych w XVIII w. miasto padło ofiarą drakońskich kontrybucji i brutalnych rozbojów. Wielu mieszczan popadło w biedę, czego dowodem jest list moratoryjny Jana III Sobieskiego (1677) dla wiśnickich Żydów Dawida Izaakowicza i Marka Wolfowicza. Sytuacja wyznawców judaizmu pogorszyła się dodatkowo po I rozbiorze Polski (1772). Austriacy wprowadzili wiele zakazów obowiązujących starozakonnych, np. ograniczenie zawierania zawiązków małżeńskich czy zakaz noszenia nakrycia głowy. Ale i tak Nowy Wiśnicz był najbardziej żydowskim miasteczkiem w tej części Galicji. Miasto ożywiało się w czas jarmarków i cotygodniowych targów, dopiero uruchomienie w 1855 kolei żelaznej Kraków–Dębica wzmocniło pozycję konkurencyjnej Bochni. Wiodący przez Wiśnicz trakt handlowy stracił rację bytu; na dodatek przez miasto przeszły trzy epidemie cholery (1855, 1864–1866, 1873). Maria Steczkowska we wspomnieniach wydanych w 1858 wystawiła Wiśniczowi smutne świadectwo: „Jakże opisać te ciasne uliczki, ten rynek zabudowany obtarganemi, walącemi się budami, lepiankami, jakie ledwie w najustronniejszych zaułkach na naszym Kazimierzu znaleźć można. Trudno doprawdy dać nawet wyobrażenie o dziwnej architekturze tych domów, jeżeli je domami nazwać można. Wszystkie drewniane, niskie, walące się, zapadłe w ziemię, najdziwaczniej powykrzywiane; jedne wznoszą się na wpół przegniłych palach, inne na jakichś arkadach; okna bez szyb, pozaklejane w części papierem lub szmatami pozatykane, jedno wyżej, drugie niżej, to na skos, to na poprzek poodwracane. Wystawmy sobie teraz niepoliczone roje nędznego, obdartego, obrzydliwego żydostwa – było go w Wiśniczu do 6000 na półtrzecia tysiąca chrześcijan (ok. 150) – snujące się wśród tych rozwalin, wrzask, krzyk, szwargot, błoto po kostki, a będziemy mieli jaki taki obraz Wiśnicza. […] Zajechaliśmy do jednego z owych hotelów w rynku, ma się rozumieć, żydowskiego. Z wielką trudnością dano nam osobną izbę, najbrudniejszą jak tylko wyobrazić sobie można. Zapłaciwszy złotówkę za godzinny pobyt w tym apartamencie, wyjechaliśmy z obrzydliwego Wiśnicza”.
Tragiczny pożar miasta z 3 VII 1863 zniszczył starą, drewnianą zabudowę, m.in. oryginalne domy z podcieniami okalające rynek „Wszczął się przez nieostrożność, silny wiatr dopomógł. Zgorzał kościół, Pański Dom, dworek Piotrów Giebułtowskich, całe szeregi domostw mieszczańskich i żydowskich – nawet folwark na Podzamczu”. Żywioł, który wybuchł w południowej części miasta, w ciągu godziny przedostał się na rynek. Spłonęły dachy ratusza i wiśnickiej fary. Po klęsce miasto odbudowało się stosunkowo szybko, choć część ludności przeniosła się do Bochni. W miejsce spalonych domów wzniesiono nowe, w większości murowane. Jedna z drewnianych synagog spłonęła całkowicie, druga częściowo. Na miejscu zgliszczy w 1870 wybudowano nową murowaną bożnicę. Była to trójnawowa budowla o sklepieniu krzyżowym, podparta czterema filarami. Babiniec znajdował się w nawach bocznych. Została rozebrana przez Niemców w 1943.
Śladem po społeczności starozakonnych jest kirkut założony przed 1641 (powierzchnia 1,8 hektara). Niegdyś otoczony kamiennym murem (ocalały niewielkie fragmenty), był miejscem pochówku Żydów z terenu niemal całej ziemi bocheńskiej. Cmentarz założono na wzgórzu, w południowej części miasteczka. Najstarsze, XVII-wieczne macewy można odnaleźć w centrum układu. Większość jest orientowana, skierowana w stronę Jerozolimy. Pewna niekonsekwencja w stosowaniu tej zasady religijnej może wynikać z braku miejsca i konieczności umieszczania nowych grobów między już istniejącymi. Zachowanych jest ok. 250 nagrobków, najstarszy z 1667, wiele ma bogatą ornamentykę. Spoczywają tu rabini: Hirsch Horowitz syn Jakuba, Nuta Lipszyc, Naftali Rubin wnuk cadyka Szmelke z Nikolsburga (Mikułowa na Morawach). Marmurowe i granitowe macewy podczas okupacji przywłaszczyli sobie Niemcy, inne okoliczna ludność wykorzystywała jako surowiec lub, nie zmieniając funkcji, a tylko formę, przenosiła na cmentarz katolicki. O rozmiarach zniszczenia świadczą rozległe, puste place, na których stały kiedyś gęsto stłoczone macewy. Po wojnie część południową cmentarza zajęło przedsiębiorstwo budowy dróg, stawiając na jego terenie smolarnię, w której wykonywano asfalt. W 1987 w południowej części kirkutu, na miejscu dawnego ohelu upamiętniającego miejsca pochówku wiśnickich rabinów (zniszczonego w czasie wojny przez Niemców), wybudowano nowy. Z połamanych nagrobków wystawiono pomnik poświęcony żydowskim ofiarom zbrodni hitlerowskich.
