U podstaw jatrochemii – czyli chemii medycznej XVII w. – legły koncepcje alchemików. Za jej twórcę uważano Paracelsusa, acz jej najdojrzalszym przedstawicielem był Johann Baptist van Helmont – teolog, lekarz i… chemik, który odkrył gas silvestre, zwany dzisiaj dwutlenkiem węgla.
Van Helmont był, jak mówiono, wyjątkowo słabym lekarzem i zajadłym wrogiem galenistów. Podobno wiarę w medycynę humoralną stracił jako młodzieniec, gdy zaraził się świerzbem. Wyznający teorię humoralną doktorzy puszczali mu krew i dawali silne środki przeczyszczające. Terapia humoralna przyniosła jednak opłakane skutki: chłopak, zamiast pozbyć się świerzbu, stracił apetyt i osłabł. Wreszcie wyleczył się sam, dzięki stosowaniu na skórę maści siarkowej. W przyszłości zaś opracował nowy system tłumaczący naturę człowieka – równoległy do teorii humoralnej i jatrofizyki.
Van Helmont uznał, że podstawą wszystkich czynności ciała ludzkiego są procesy chemiczne, w szczególności trawienie. Trawienie miało przebiegać kilkuetapowo. Zaczynało się w żołądku, gdzie działały fermenty i kwasy. Następnie odbywało się w dwunastnicy, gdzie alkalia neutralizowały masę pokarmową i gdzie docierały fermenty żółtej żółci. Dokonywało się także w wątrobie, w której krew zmieniała się w żółć; w mózgu – gdzie z krwi wyzwalał się Archeusz (tj. nadrzędna siła życiowa wypełniająca wszystkie organy wewnętrzne) – oraz we wszystkich częściach organizmu, gdzie pod wpływem rozkładu fermentów tworzyło się „żywe mięso” – podstawowy składnik ciała ludzkiego. Dodatkowo wskutek fermentacji miało wytwarzać się ciepło, które dzięki tętnu i oddychaniu rozchodziło się stopniowo po całym ciele.
Stąd też choroba, zdaniem uczonego, musiała polegać na zaburzeniu... procesów fermentacyjnych. Wskutek zaburzenia funkcji pracy Archeusza w żołądku zaczynały wytwarzać się złe kwasy, których nie można było zneutralizować czy złagodzić. Następnie zaś owe „ostrości” zamieniały się w jadowite, lotne miazmaty i zatruwały cały organizm. Jeśli trafiały do mózgu, zaczynało się szaleństwo; jeśli do macicy – atak histeryczny; jeśli do przegubów rąk – podagra itd. Nie dziwi więc, że wyznawcy jatrochemii twierdzili, że aby przywrócić choremu zdrowie, ostre miazmaty należy… zneutralizować. I tak najpopularniejszym środkiem neutralizującym XVII w. była sól glauberska stosowana do leczenia niestrawności.
