W 1573 roku szlachta i magnateria polska i litewska uchwaliła konfederację warszawską. Pośród wielu postanowień, mających zapewnić spokój publiczny podczas pierwszego bezkrólewia, akt ten zawierał również potwierdzenie swobód wyznaniowych szlachty. Jego sygnatariusze zobowiązali się do nienarzucania wiary przemocą. Gdyby zaś władza próbowała wszcząć prześladowania religijne, szlachta miała się temu zgodnie przeciwstawić. Wiadomości o stosach płonących w Londynie czy Genewie, oraz nocy św. Bartłomieja w Paryżu bardzo szybko dotarły do Rzeczpospolitej. Konfederacja warszawska miała być zabezpieczeniem przed tego typu zdarzeniami. Dzięki niej różnowiercy mieli zapewniony dostęp do wszystkich godności i urzędów państwowych. Jednak akt konfederacji miał luki. Pomijał całkowitym milczeniem mieszczan, a właśnie w miastach Rzeczypospolitej w drugiej połowie XVI wieku zaczęły się rozruchy na tle wyznaniowym. Co gorsza, dokument nie zawierał żadnych przepisów wykonawczych. Różnowiercy głośno domagali się uchwalenia surowych kar dla gwałcicieli pokoju wyznaniowego, lecz ich wysiłki nie przyniosły rezultatów. W porównaniu z setkami ofiar wojen religijnych w Niemczech, Niderlandach czy Francji Rzeczpospolita była jednak oazą spokoju, a w Europie z uznaniem mówiono o polskiej tolerancji.
Znaczenie konfederacji warszawskiej wykracza daleko poza problem tolerancji w sprawach wiary. Z postulatów w niej zawartych wyniknęły znacznie późniejsze – wolności zgromadzeń, słowa czy druku.
