W polityce zagranicznej Stefana Batorego można wyróżnić dwa nurty: pierwszy dotyczy państw europejskich, w tym krajów bezpośrednio graniczących z Rzeczpospolitą, drugi dotyczy stosunków z Turcją. Z pierwszymi król prowadził rokowania z pozycji siły, często posuwając się nawet do gróźb. Takie rozmowy z Portą nie miały szans powodzenia i groziły konfliktem zbrojnym. Dlatego w korespondencji Batorego z sułtanem i innymi dostojnikami tureckimi dominuje całkowicie odmienny ton.
Turcja popierała Batorego już na polu elekcyjnym, co w dużym stopniu przyczyniło się do jego zwycięstwa. Szlachta, szczególnie ta zamieszkująca południowe województwa, nie poparłaby kandydata, który mógłby doprowadzić do konfliktu z państwem osmańskim. Stefan Batory, mając poparcie sułtana i występując przeciw cesarzowi (głównemu rywalowi do korony) mógł być pewny, że Siedmiogród pozostanie w jego rękach, a Turcja nie będzie mu utrudniała rządów w Polsce. Jednak oddanie się w opiekę sułtana przysporzyło mu wrogów nie tylko wśród Habsburgów, lecz także w całym ówczesnym świecie chrześcijańskim, izolowało politycznie na arenie europejskiej.
Ścisłą współpracę z Portą Batory nawiązał już przed wyruszeniem do Polski. Prawie wszystkie decyzje uzgadniał z sułtanem, a w każdym razie sprawiał takie pozory. Sułtan go popierał, a wielki wezyr osobiście zachęcał do wyjazdu ku granicom Rzeczypospolitej. Wiadomość o koronacji Batorego wywołała wielką radość w Stambule. Turcy mieli się z czego cieszyć, gdyż wydarli z rąk Habsburgów prawie gotową zdobycz - koronę polską - zatrzymując ich ekspansję dynastyczną i tym samym zachowując nad nimi przewagę w tej części Europy. Było to dla Porty tym ważniejsze, że w 1576 r. znów wybuchła wojna z Persją angażująca siły tureckie na Wschodzie.
Już jako król Polski Stefan Batory w swoich działaniach dyplomatycznych i politycznych opierał się na przyjaźni tureckiej. Zaraz po koronacji wysłał do Turcji Krzysztofa Dzierżka z zawiadomieniem o swoim wstąpieniu na tron, choć ton jego listu był już bardziej powściągliwy, pełen godności. Wprawdzie informował sułtana o wszystkich wydarzeniach, lecz nie pytał go już o radę, jak to czynił, będąc jeszcze wojewodą Siedmiogrodu. Wchodził powoli, ale konsekwentnie w drugi etap stosunków dyplomatycznych polsko-tureckich: etap niezależności.
W żądaniach utrzymania pokoju z Turcją wysuwanych przez szlachtę jako warunek przy wyborze króla nie uwzględniono jednego czynnika, który w relacjach polsko-tureckich odegrał w dobie Batorego dużą rolę - stosunków z Kozakami. Sprawy związane z ich napadami zajmowały istotne miejsce w korespondencji między władcami Rzeczypospolitej i imperium osmańskiego. Początkowo były to skargi sułtańskie i żądania ukarania sprawców napadów na posiadłości tureckie bez groźby zerwania pokoju. Później przerodziły się w stały konflikt dyplomatyczny. Permanentne najazdy kozackie powodowały wzmożenie korespondencji między królem a sułtanem, niejednokrotnie przybierała ona ostre formy.
Dwukrotnie w ciągu rządów Stefana Batorego napady kozackie o mało nie doprowadziły do wojny z Turcją. Pierwszy raz nastąpiło to w 1577 r. i związane było z najazdem Iwana Podkowy na Mołdawię i zdobyciem Jass, gdzie watażka kozacki wstąpił na tron hospodarski. Król, chcąc utrzymać pokój i obawiając się, aby nie nastąpiła zmiana na hospodarstwie mołdawskim, poparł innego pretendenta, a samego Podkowę i kilku z jego towarzyszy stracił w obecności tureckiego wysłannika. Po raz drugi sułtan groził rozpoczęciem działań wojennych przeciw Polsce w 1583 r. za napad kozacki i zburzenie Tehinii. Król, by ratować pokój z Turcją, postąpił tak samo jak w pierwszym przypadku.
Stosunki polsko-tureckie zostały ustalone aktem sojuszniczym w dniu lipca 1577 г. zawartym przy pomocy posła Jana Sienieńskiego. Zapisy były skierowane przeciw polityce Habsburgów i Iwana IV Groźnego, ale głównym celem polskich poczynań dyplomatycznych z państwem osmańskim był właśnie car. Moskwę traktowano jako państwo groźne dla obu sojuszników, choć Turcja, dążąc do pokonania Rosji, nie życzyła sobie złamania jej potęgi kosztem znacznego wzrostu siły i znaczenia Polski. Sprawa moskiewska przybliżała więc, a zarazem oddalała Murada III i Batorego, którego przede wszystkim interesował podbój wschodniego sąsiada.
Jaki reagowała Turcja wobec znanych jej planów Batorego? W 1579 r. popierała króla, życząc mu powodzenia w trudnej walce, a rok później zaoferowała pomoc 40 tys. Żołnierzy, chcąc włączyć się do podboju ziem moskiewskich. Poza tym sułtan jako sojusznik króla miałby możliwość kontrolowania jego zamiarów i wpływania na nie. Batory grzecznie, lecz stanowczo zrezygnował z oferowanej pomocy. Porta nie wiedziała, jak na to zareagować: czy popierać Stefana Batorego, którego władza po opanowaniu Rosji znacznie się rozszerzy, czy stanąć w obronie Iwana IV? Z uwagą śledzono każde zwycięstwo Polaków.
Sukcesy Batorego sprawiły, że w Stambule zaczęto inaczej patrzeć na władcę Rzeczypospolitej. Pod Pskowem czausz turecki w imieniu Murada III przedstawił nieśmiało propozycję połączenia wojsk tureckich i polskich, którym świat nie mógłby sprostać. Tym razem to nie Stefan Batory występował w roli proszącego u wrót Porty, lecz sułtan rozważał możliwość wspólnej akcji wojskowej. Uznawał tym samym króla polskiego za właściwego, równego sobie partnera do rozmów. Nie zanikła jednak obawa o wzrost potęgi Rzeczypospolitej. Dlatego w czasie wypraw na Moskwę wysłannicy tureccy często odwiedzali króla w obozach wojennych, by zorientować się w jego zamiarach, liczebności wojsk, wynikach wojny. Z obawy o nadmierny wzrost potęgi Batorego pod koniec panowania sułtan nie tylko przestał udzielać mu poparcia, lecz także zaczął współpracować z carem. Stosunki polsko-tureckie uległy wtedy wyraźnemu ochłodzeniu, do czego doprowadziły także najazdy kozackie na posiadłości tureckie, ale do końca rządów Batorego nie uległy zerwaniu.
Głównym celem dyplomacji i polityki polskiej w stosunku do Turcji było utrzymanie pokoju. Taki sam cel widział w zawartym traktacie sojuszniczym sułtan. Obu władców przyjaźń ta przynosiła korzyści. Stefan Batory, mając zabezpieczone południowe granice Rzeczypospolitej przed najazdami tatarskimi, mógł odzyskać Inflanty, a sułtan Murad III - skierować Tatarów na Persję i odnosić tam doraźne sukcesy. Sułtan szachował Habsburgów przyjazną polityką w stosunku do Polski, szczególnie w pierwszym okresie po koronacji Batorego w Krakowie, a ten zaś ugruntowywał swoją pozycję wewnątrz Rzeczypospolitej. Korzyści ze współpracy politycznej i dyplomatycznej Polski i Turcji - mimo odmienności kulturowych i ustrojowych - były wzajemne. Stefana Batorego i Murada III zbliżali ku sobie wspólni wrogowie: Rosja i Habsburgowie.
