Początek wojny z państwem moskiewskim w 1609 r. oznaczał dla Rzeczypospolitej podjęcie ogromnego ciężaru finansowego – zwłaszcza że wojna po początkowych sukcesach i opanowaniu Moskwy latem 1610 r. zaczęła się niebezpiecznie wydłużać. Ostatecznie potrwała prawie 10 lat, kończąc się zwycięskim dla Polski i Litwy rozejmem w Dywilinie zimą 1618/1619 r. Po drodze zapał wojenny w Polsce mocno przygasł, a niemało przyczyniły się do tego łupiestwa niepłatnych żołnierzy. Ci zawiązali w 1612 r. konfederację i opuściwszy Moskwę, weszli w granice Rzeczypospolitej, wybierając sobie należne i nienależne świadczenia w oczekiwaniu na zaspokojenie przez sejm ich roszczeń finansowych. Działalność konfederatów uderzyła rykoszetem w Bogu ducha winne Prusy Książęce.
Kraj ten od początku XVII w. trapiony był stacjami – czyli świadczeniami w naturze lub pieniądzu – wymuszanymi przez wojska polskie i litewskie, zdążające do Inflant. Pod koniec wojny inflanckiej zagrożenie nawet wzrosło, gdyż i tamte wojska skonfederowały się, a marszałek konfederacji Samuel Kazanowski w październiku 1609 r. wprost domagał się od elektora Jana Zygmunta, zarządzającego Prusami, zaopatrzenia wojska w żywność („na tę sztukę chleba skąpym być nie raczył”), narzekając, że co się teraz uzbierało pieniędzy w Polsce, wszystko poszło na wojnę moskiewską.
Początkowo co prawda odległa wojna moskiewska mało dotykała Prusaków, a w 1610 r. dał im się szczególnie we znaki niejaki Wilhelm Barberius (Guillaume Barbery), francuski dowódca oddziału 300 jazdy, których Jan Karol Chodkiewicz wysłał do Prus dla odżywienia. Skoro Barberius nie dostał spodziewanych stacji, dał się tak we znaki miejscowym, że sprawa jego dotarła aż do sądu hetmańskiego na Litwie. Już w 1612 r. pojawili się wszakże nad granicami pruskimi konfederaci z wojny moskiewskiej. Jan Zaliwski przyprowadził wojska z dawnego pułku Jana Piotra Sapiehy i założył główną kwaterę w Brześciu Litewskim. Stamtąd pisał do elektora Jana Zygmunta oraz nadradców pruskich o pomoc w utrzymaniu wojska w okresie, gdy ono czeka na wypłacenie przez sejm wysłużonych pieniędzy. Pisali też dowódcy poszczególnych jednostek, jak np. pułkownik Florian Ługowski, utyskujący w sierpniu 1612 r. do elektora, że dostał od marszałka Zaliwskiego stanowiska w Łomży, ale są tak podłe, że nie mogą wyżywić jego ludzi – zatem prosił o pomoc z Prus. Elektor zrazu opierał się żądaniom konfederatów, jednak stał de facto na straconej pozycji – ponieważ nie uznawali oni władzy królewskiej ani hetmańskiej, nie miał do kogo odwołać się w ich sprawie. Targował się zatem z marszałkiem, który jeszcze w końcu grudnia 1612 r. narzekał na niewystarczające poratowanie ze strony elektora i zaręczał nawzajem bezpieczeństwo granic pruskich. Jan Zygmunt zasłaniał się dobrowolnością swego datku i innymi wydatkami, jak też poczynionymi przez Polaków – wbrew danej obietnicy – zniszczeniami w starostwach wystruckim i nidzickim. Ostatecznie uiścił 4 tys. zł marszałkowi Zaliwskiemu i 2 tys. grzywien pruskich (ok. 1,3 tys. zł) oficerom. W rewanżu Zaliwski wysłał w maju 1613 r. oficerów Sobieskiego i Opackiego z podziękowaniem i dla zrewidowania szkód, obiecując zarazem „nieodwłoczną” sprawiedliwość i nagrodę pokrzywdzonym.
Nadradcy pruscy jeszcze w tymże 1613 r. posłali Zaliwskiemu raz 1 tys. zł, drugi 200 zł, zjednując go sobie i prosząc o zadbanie o bezpieczeństwo Prus. Mieli zaś o co prosić, gdyż skargi na nadużycia wciąż się mnożyły. Przykładowo w końcu lipca utyskiwali Prusacy na porwanie stada bydła i koni w liczbie 55 sztuk, szacowanych na 750 zł, które uprowadzili z powiatu oleckiego żołnierze idący do Filipowa. Spokój pruski był zagrożony zresztą także przez wojska nowych zaciągów, wysyłane z Polski pod Smoleńsk. Przykładowo w lipcu 1613 r. pułkownik piechoty Jan Dobrzechowski domagał się zaprowiantowania ze starostwa oleckiego, wyliczając m.in.: 15 wołów, 40 jałowic, 30 fasek masła, 60 kop serów, 150 połci słonin, 40 beczek krup owsianych, 20 beczek grochu i 15 beczek piwa. Argumentował przy tym, że skoro służy królowi, któremu książę pruski jest przychylny, to ma prawo domagać się pomocy od Prusaków. Rzeczywiście, trudno z tym polemizować.
Odbywały się oczywiście zjazdy pograniczne urzędników polskich i pruskich dla zbadania poczynionych szkód. Prusacy współpracowali też z biskupem warmińskim Szymonem Rudnickim, równie jak oni zagrożonym wybrykami konfederatów i zaangażowanym w ich powstrzymanie. Faktycznie przynosiło to jednak niewielkie efekty, gdyż dopiero uchwalenie odpowiednio wysokich podatków przez dwa sejmy w 1613 r. doprowadziło do rozwiązania konfederacji i pozbycia się uciążliwych żołnierzy. Na krótką metę zaś trzeba było się dalej opłacać. Przykładowo, kiedy w końcu września 1613 r. zagroził wejściem do Prus Zbigniew Silnicki, marszałek konfederatów smoleńskich, komisarze pruscy powstrzymali go od tego po rokowaniach w Wierzbołowie zakończonych wypłaceniem marszałkowi 7 tys. zł.
Kolejne lata przyniosły szereg procesów i podsumowań strat poniesionych przez Prusaków. Urzędnicy pruscy pojawiali się w sądach grodzkich w Polsce i na Litwie, oblatując protestacje przeciw żołnierzom. Dla przykładu: w sierpniu 1614 r. w Wąsoszy wniesiono protest w imieniu księcia pruskiego i mieszkańców powiatu ełckiego przeciw pułkownikowi Janowi Karwackiemu oraz oficerom i towarzyszom chorągwi kozackich za szkody, opisane na czterech stronach, poczynione w 28 wsiach powiatu. Sporządzony w końcu lipca 1614 r. zbiorczy wykaz szkód zajął aż 90 stron rękopisu! Prusacy rachowali swe straty w tymże roku na 126 tys. zł.
Po rozwiązaniu konfederacji wojskowych sytuacja uległa poprawie, niemniej aż do końca wojny moskiewskiej Prusy Książęce doświadczały jej kosztów. Niebawem zaś musiały się zmierzyć z nowymi wyzwaniami, jakimi była wojna z Turcją (1620–1621) i prowadzone w latach 20. zmagania ze Szwecją najpierw w Inflantach, a później w samych Prusach. Ciężkie czasy nieprędko jeszcze miały przeminąć, a polscy żołnierze zapisywali się w niekoniecznie wdzięcznej pamięci Prusaków.
