Do kompetencji sądów kościelnych należały wszelkie sprawy między duchowieństwem oraz te, w których stroną pozwaną był duchowny. Możliwe było również stawanie przed sądem kościelnym jeśli strony się na to zgodziły. Kompetencje tych sądów wykraczały jednak poza sprawy duchowieństwa, bowiem należały do nich sprawy o apostazję, herezję, czary, spory o dziesięciny i kwestie małżeńskie. W epoce reformacji kompetencje oraz wykonywanie wyroków sądów kościelnych przez władzę świecką (starostów) były solą w oku nie tylko zwolenników reformacji, lecz także wielu katolików, widzących w tym przejaw nadmiernego dążenia Kościoła do dominacji nad szlachtą. Zjawisko apostazji (porzucenie wyznania) było rzadkie, więc niewiele takich spraw trafiało do ksiąg konsystorskich, gdzie notowano wyroki sądów duchownych. Sprawy o herezję nie trafiały przed sądy kościelne, bowiem w 1551 r. pod naciskiem szlachty biskupi zrzekli się egzekucji wyroków przez władzę świecką, a w 1557 r. sprawy herezje o król Zygmunt August zastrzegł wyłącznie dla siebie, lecz w praktyce z prawa tego nie korzystał. Wreszcie w latach 1563-1565 sejm ostatecznie odebrał egzekucję świecką wyrokom sądów duchownych.
Choć sprawy z oskarżenia o czary, popularne w Europie wczesnonowożytnej, formalnie należały do sądów kościelnych, to w praktyce procesy czarownic odbywały się przed świeckimi sądami miejskimi. Pierwszy wyrok śmierci w tego typu sprawie zapadł w Wielkopolsce w 1511 r. Nasilenie procesów miało miejsce w drugiej połowie XVI w., a ostatni proces odbył się w 1775 r. we wsi Doruchów w ziemi wieluńskiej. Procederu tego zakazała konstytucja sejmowa z 1776 r.
Mimo ograniczonych kompetencji, jurysdykcja sądów duchownych budziła od czasu do czasu pełne emocji dyskusje. Stało się tak np. w 1627 r., gdy biskup przemyski pozwał przed swój sąd kalwinistę Samuela Bolestraszyckiego, oskarżonego o publikację propagującej zasady kalwinizmu rozprawy. Autor odwołał się do Trybunału Koronnego, który skazał go na karę więzienia i grzywny. W tej sytuacji Bolestraszycki odwołał się do szlachty, która na sejmie w 1649 r. doprowadziła do zniesienia niewykonanego wyroku. Podobna sprawa dotyczyła arianina Jonasza Szlichtynga, skazanego na karę śmierci za wydanie książki popularyzującej arianizm (1647). Oskarżony nie stawił się przed sądem, a szlachta krakowska upomniała się o niego i doprowadziła do kasacji wyroku przez sejm.
W kręgu jurysdykcji sądów duchownych pozostały kwestie małżeństw katolików. Mimo nacisków, Kościół nie zakazał małżeństw międzystanowych, ani nie dopuścił do unieważniania małżeństwa, traktując sakrament jako nierozerwalny. Za zachowanie pryncypialnej zasady zapłacono faktyczną pobłażliwością. Za dostateczną przyczynę rozwiązania związku małżeńskiego sądy uznawały zawarcie go pod przymusem. Doprowadziło to do wydania w XVIII w. papieskich napomnień pod adresem episkopatu polskiego, przypominających o nienaruszalnym charakterze sakramentu małżeństwa. Zgodnie z popularną w kurii rzymskiej anegdotą, szlachcic polski wydając za mąż córkę uderzał ją przy świadkach, by na wszelki wypadek można było uznać, że małżeństwo zawarto pod przymusem.
