Muzeum organizuje wystawy czasowe, konferencje i seminaria, prowadzi badania naukowe, publikuje książki i czasopisma, organizuje zajęcia edukacyjne oraz udostępnia wiedzę online, aktywnie uczestniczy w debacie o krajobrazie kulturowym i zrównoważonym rozwoju. Wprowadza również innowacyjne technologie, wspomagające sprawowanie opieki nad zbiorami i zasobami muzeum oraz ich udostępnianie i prezentowanie publiczności.
Muzeum Pałacu Króla Jana III w Wilanowie działa m.in. na podstawie statutu nadanego Zarządzeniem Ministra Kultury, Dziedzictwa Narodowego i Sportu z dnia 28 maja 2021 r.